休息扣工资在大多数情况下是不合法的。下面我将对此进行详细分析：

一. 正常休息权利与工资支付

• 根据《中华人民共和国劳动法》，劳动者享有休息休假的权利，且用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。这意味着，常规休息日、法定节假日等是劳动者应得的权益，不应与工资挂钩。
• 如果公司因正常休息安排（如周末休息、法定节假日等）而扣减员工工资，这违反了《中华人民共和国劳动法》的相关规定，属于违法行为。

二. 特殊情况下的休息与工资处理

• 非劳动者原因导致的停工停产：若因公司自身经营原因安排劳动者休息，在一个工资支付周期内，公司应按劳动合同规定的标准支付工资。超过此周期，若劳动者未提供正常劳动，也应按国家有关规定支付生活费，而非直接扣工资。
• 带薪年假等法定带薪假期：劳动者依法享受的年休假、探亲假、婚假、丧假等带薪假期，公司应按正常工资标准支付，扣工资同样属于违法行为。

三. 劳动者请假与违规休息的处理

• 若劳动者未经批准擅自休息或违反公司合法的考勤制度等相关规章制度而被扣工资，这需要在规章制度合理且经过民主程序制定并公示告知劳动者的前提下，才可能被视为合理合法的扣减。

四. 法律保障与维权途径

• 劳动者在法定休假日、婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应依法支付工资，这是《中华人民共和国劳动法》第五十一条的明确规定。
• 若公司违反规定扣减工资，劳动者可以向劳动监察部门举报投诉或申请劳动仲裁维权。对仲裁结果不服的，还可以向法院提起诉讼，依法维护自己的合法权益。

综上所述，在大多数情况下，公司安排休息并扣减员工工资是不合法的。劳动者应了解自己的权益，并在权益受损时通过合法途径维权。如果还有其他问题需要咨询，请随时告诉我。