“工厂旷工一天按三天来算”的做法，在大多数情况下是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

法律依据角度

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条： 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，用人单位无权随意扣除劳动者的工资，除非有明确的法律依据或合同约定。

2. 《工资支付暂行规定》第十六条： 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。旷工一天并不直接等同于给用人单位造成了经济损失，且即使造成了损失，扣除的工资也有限制，因此“旷工一天扣三天工资”的做法缺乏法律依据。

法理与公平性角度

从公平合理的原则出发，旷工一天仅代表劳动者当天未提供劳动，用人单位有权不支付当天的工资作为对缺勤行为的回应。但额外扣除两天工资则构成了超出合理范围的惩罚，这显然不公平，也违背了权利义务对等的基本法理原则。

企业规章制度与劳动合同角度

1. 企业规章制度： 虽然企业有权根据自身情况制定管理制度，但这些规定必须合法、合理，且不违反劳动法的原则和精神。如果企业的规章制度中规定了“旷工一天扣三天工资”，并且这一规定经过了合法的程序制定和公示，从形式上看似乎具有合法性。然而，这并不意味着所有类似的扣罚方式都是合理的。企业在制定规章制度时，应确保规定的合理性、公平性，并充分考虑到员工的权益和感受。

2. 劳动合同： 如果劳动合同中明确约定了“旷工一天扣三天工资”的条款，并且该条款不违反国家强制性法律法规，那么从合同约定的角度来看，似乎具有一定的合法性。但同样，这种约定也需遵循公平、合理的原则，不得过分严厉以至于构成对劳动者劳动报酬权利的侵犯。

实际操作建议

1. 协商解决： 如果您作为劳动者遇到了“旷工一天扣三天工资”的情况，首先应与用人单位协商解决，表达自己的合法权益和诉求。

2. 法律途径维权： 如果协商不成，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。在维权过程中，您需要提供相关证据来证明自己的主张，如工资条、考勤记录、劳动合同等。

3. 咨询专业人士： 对于具体情况的合法性判断以及维权策略的制定，建议您咨询专业的法律人士（比如我），以便更好地维护自己的合法权益。

综上所述，“工厂旷工一天按三天来算”的做法在大多数情况下是不合法的。用人单位应遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和合理性。劳动者也应了解自己的权益，必要时采取法律手段维护自身利益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。