针对一个合同中同时包含特许权使用和发包劳务的情况，代扣代缴的处理需要结合具体税种和合同条款来综合判断。以下是详细分析：

1. 特许权使用费的代扣代缴

• 核心规则：根据《企业所得税法》及其实施条例，非居民企业在中国境内未设立机构、场所，或虽设立但所得与其无实际联系的，其来源于中国境内的特许权使用费所得，应缴纳10%的预提所得税（符合条件可享受税收协定优惠）。
• 操作要点：
  • 合同中需明确特许权使用费的范围（如商标、专利、技术许可等）。
  • 支付方作为扣缴义务人，应在每次支付时代扣代缴税款，并向税务机关报送《扣缴企业所得税报告表》。
  • 若涉及税收协定，需按协定规定的税率（如5%）或免税条款执行，但需提前办理税收协定待遇备案。

2. 发包劳务的代扣代缴

• 核心规则：发包劳务可能涉及增值税及附加税费、个人所得税（如支付给境内个人）或企业所得税（如支付给境外企业）。
• 操作要点：
  • 增值税：若劳务发生在境内，境外企业需在中国缴纳增值税（税率6%或3%，视劳务类型而定），由境内支付方代扣代缴。若劳务完全在境外提供，则免征增值税。
  • 个人所得税：支付给境内个人的劳务费，需按“劳务报酬所得”代扣代缴个税（税率20%-40%）。
  • 企业所得税：支付给境外企业的劳务费，若劳务发生在境内，需按10%税率代扣代缴企业所得税（税收协定可能优惠）。

3. 合同混合情况下的处理原则

• 区分原则：合同中需明确特许权使用费和劳务费的金额及支付条件，避免混淆。税务机关可能要求提供合同分项明细、境外企业履约证明（如劳务发生地、人员派遣记录）等。
• 风险点：若合同未区分，税务机关可能按“实质重于形式”原则，将全部收入认定为特许权使用费或劳务费，导致税负增加。

4. 实务建议

• 合同设计：在合同中单独列明特许权使用费和劳务费的金额、支付时间及条件，并附上税务条款（如税率、税收协定适用）。
• 税务备案：涉及税收协定的，提前向税务机关办理备案，避免后续争议。
• 留存资料：保存合同、付款凭证、境外企业履约证明等，以备税务检查。

示例：
若合同约定向境外企业支付100万元，其中80万元为特许权使用费，20万元为境内劳务费，则：

• 特许权使用费部分：代扣代缴企业所得税8万元（80万×10%）。
  
• 劳务费部分：若劳务发生在境内，代扣代缴增值税1.13万元（20万÷1.06×6%）及企业所得税2万元（20万×10%）。
  

如有具体合同条款或税务争议，可直接向我咨询，我会结合实际情况提供进一步方案。