结论：没有房产证只有拆迁协议的情况下，法院能否查封，需根据具体情况判断，但在符合一定条件下，法院是有可能对仅有拆迁协议的房产进行查封的。以下从多个角度进行分析：

一、查封的法律依据与原则

法院查封财产，主要依据的是《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律法规。查封的目的是为了保障诉讼的顺利进行，防止财产被转移、隐匿或毁损。在查封过程中，法院会遵循合法、合理、必要的原则，确保查封行为的合法性和正当性。

二、拆迁协议的性质与效力

拆迁协议是拆迁人与被拆迁人之间就房屋拆迁、补偿等事宜达成的协议。虽然拆迁协议本身并不直接等同于房产证，但它具有一定的法律效力，能够证明被拆迁人对拆迁房产的权益。在拆迁过程中，拆迁协议是确定被拆迁人权益的重要依据。

三、法院查封拆迁房产的考量因素

1. 拆迁协议的真实性与合法性：

   • 法院在查封拆迁房产时，会首先审查拆迁协议的真实性和合法性。如果拆迁协议存在虚假、伪造或违反法律法规的情况，法院将不会依据该协议进行查封。

2. 被拆迁人的权益状况：

   • 法院会考虑被拆迁人在拆迁协议中的权益状况，包括补偿方式、补偿金额、安置房等。如果被拆迁人已经获得了合理的补偿，且拆迁协议已经履行完毕，那么法院查封的可能性会相对较低。
   • 如果被拆迁人尚未获得补偿或补偿存在争议，且拆迁协议能够证明被拆迁人对拆迁房产的权益，那么法院在符合其他条件的情况下，有可能对拆迁房产进行查封。

3. 诉讼需要与财产保全：

   • 如果涉及诉讼，且法院认为有必要对拆迁房产进行保全，以防止财产被转移或毁损，那么法院在符合法律程序的情况下，可以对拆迁房产进行查封。

四、实际操作中的注意事项

• 提供充分证据：

  • 如果被拆迁人希望法院对拆迁房产进行查封，需要提供充分的证据证明自己对拆迁房产的权益，如拆迁协议、补偿协议、安置房分配证明等。

• 遵循法律程序：

  • 查封行为必须遵循法律程序，包括申请查封、法院审查、作出裁定、执行查封等步骤。被拆迁人或相关当事人应积极配合法院的工作，确保查封行为的合法性和有效性。

• 考虑后续影响：

  • 查封拆迁房产可能会对被拆迁人的生活造成一定影响，如无法入住安置房、影响补偿款的领取等。因此，在申请查封前，应充分考虑后续影响，并做好相应的应对措施。

建议：如果您面临类似情况，且认为有必要对拆迁房产进行查封，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和操作要点。同时，准备好相关证据材料，以便在需要时向法院提供。如果您有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议。