结论：申请执行人与被执行人互负债务，且被执行人还有其他执行案件时，债务能否相互抵销需视具体情况而定，主要取决于债务的性质、是否到期、是否符合法定抵销或约定抵销的条件。

一、法定抵销的情形

根据《中华人民共和国民法典》第五百六十八条：“当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销；但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定不得抵销的除外。当事人主张抵销的，应当通知对方。通知自到达对方时生效。抵销不得附条件或者附期限。”

1. 债务种类与品质相同：若申请执行人与被执行人之间的债务，以及被执行人与其他债权人之间的债务，均为金钱债务或同种类、品质的非金钱债务，则存在法定抵销的可能性。

2. 债务到期：抵销的债务必须均已到期。若其中一方或双方的债务尚未到期，则不能主张法定抵销。

3. 无禁止抵销情形：根据债务性质、当事人约定或法律规定，若存在不得抵销的情形（如涉及人身损害赔偿的债务、因故意侵权产生的债务等），则不能主张抵销。

二、约定抵销的情形

根据《中华人民共和国民法典》第五百六十九条：“当事人互负债务，标的物种类、品质不相同的，经协商一致，也可以抵销。”

1. 双方协商一致：即使债务的种类或品质不相同，只要双方达成一致意见，也可以进行抵销。这种抵销方式更加灵活，但需要双方自愿协商。

三、执行程序中的特殊考虑

在执行程序中，若申请执行人与被执行人互负债务，且均已到期，且不存在禁止抵销的情形，申请执行人可以向执行法院提出抵销申请。但需注意以下几点：

1. 执行法院的审查：执行法院会对抵销申请进行审查，确认债务的真实性、到期性以及是否符合抵销条件。

2. 其他债权人的权益：若被执行人还有其他执行案件，执行法院在审查抵销申请时，会考虑其他债权人的权益，确保抵销不会损害其他债权人的合法权益。

3. 抵销的效力：一旦抵销申请被执行法院认可，将产生法律效力，即双方互负的债务在抵销范围内消灭。

四、实际操作建议

1. 收集证据：申请执行人应收集相关证据，证明双方互负债务、债务已到期且不存在禁止抵销的情形。

2. 与被执行人协商：在可能的情况下，尝试与被执行人协商达成抵销协议，以简化执行程序。

3. 向执行法院提出申请：若协商无果，可向执行法院提出抵销申请，并提交相关证据材料。

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