针对同一个店铺存在两个营业执照且被起诉的情况，核心结论是需根据两个营业执照的实际经营主体关系，分情况确定责任承担主体，并积极应对诉讼。具体分析如下：

1. 若两个营业执照对应同一实际经营主体（如同一自然人或法人）

• 责任承担：若两个营业执照虽登记在不同主体名下，但实际由同一人或同一法人控制经营（如“一套人马、两块牌子”），法院可能根据《民法典》第172条关于“表见代理”或《公司法》第20条关于“法人人格否认”的规定，认定两主体存在人格混同，从而判决两主体共同承担责任。
• 应对建议：
  • 收集证据：整理店铺的财务记录、合同、员工工资发放记录等，证明两主体在经营、财务、人员上高度混同；
  • 抗辩策略：若原告仅起诉其中一个主体，可申请追加另一主体为共同被告，或主张两主体应共同担责；
  • 协商调解：若证据充分，可尝试与原告协商，以减少赔偿金额或分期履行。

2. 若两个营业执照对应不同实际经营主体（如合作经营或租赁关系）

• 责任承担：若两主体独立经营（如店铺分租给不同经营者，或合作经营但财务独立），则需根据侵权行为或合同违约的具体实施主体确定责任。例如：
  • 若因其中一个主体的产品缺陷导致诉讼，由该主体单独担责；
  • 若因店铺共同设施（如消防）问题导致诉讼，可能需根据合作协议或过错比例分担责任。
• 应对建议：
  • 明确责任边界：提供租赁合同、合作协议等证据，证明两主体经营独立；
  • 区分过错：若原告主张两主体共同侵权，需举证证明另一主体存在过错（如未尽到管理义务）；
  • 反诉或追偿：若被错误牵连，可反诉原告或事后向实际责任方追偿。

3. 若其中一个营业执照已注销或吊销

• 责任承担：若被起诉的营业执照已注销或吊销，但实际经营未停止，法院可能根据《公司法》第184条，要求清算义务人（如股东）承担责任；若另一营业执照主体继续经营，可能需承担连带责任。
• 应对建议：
  • 核实主体状态：通过国家企业信用信息公示系统查询两营业执照的登记状态；
  • 主张主体不适格：若原告起诉已注销的主体，可申请驳回起诉；
  • 追加被告：若另一主体与案件有关，可申请追加其为共同被告。

4. 通用应对措施

• 及时应诉：收到起诉状后，务必在法定期限内提交答辩状，避免缺席判决；
• 证据整理：围绕“责任主体认定”收集证据，如营业执照、经营合同、财务凭证、证人证言等；
• 法律咨询：根据案件复杂程度，可委托律师协助分析证据、制定诉讼策略。

提示：具体案件需结合证据和法律关系综合判断，若您能提供更多细节（如两营业执照的登记主体、经营模式、诉讼原因等），我可进一步分析。