针对您提出的“学校强制要求签就业协议才能进行自主实习是否合法”的问题，我可以明确地告诉您，这种做法是不合法的。

首先，根据教育部及相关文件的规定，高校在就业管理和服务工作中必须严格执行“四不准”原则。这“四不准”原则中明确指出，不准以任何方式强迫毕业生签订就业协议和劳动合同。学校强制要求您签订就业协议作为自主实习的条件，显然违反了这一规定。

其次，就业协议的签订应该是基于毕业生与用人单位之间的真实意愿和协商结果，而不是作为学校管理或考核的手段。学校无权将毕业证书、学位证书的发放与毕业生签约挂钩，更不能以此为由强迫学生签订就业协议。

再者，您提到的自主实习是您的个人选择，学校应该尊重并支持您的决定。如果学校以不签就业协议就不允许自主实习为要挟，这不仅侵犯了您的自主选择权，也违反了教育公平和公正的原则。

最后，我想强调的是，作为毕业生，您有权根据自己的实际情况和意愿选择就业或实习方式。如果学校存在违规行为，您可以向相关部门（如教育厅、教育部门等）进行反映和投诉，以维护自己的合法权益。

综上所述，学校强制要求签就业协议才能进行自主实习的做法是不合法的。希望您能够坚持自己的立场，维护自己的权益。如果遇到任何问题或困扰，都可以及时寻求相关部门的帮助和支持。