联合体协议书原件原则上应当放在投标文件中，一般不建议单独提交给招标代理。以下从不同角度为您详细分析：
从法律规定角度
根据《中华人民共和国招标投标法》第三十一条规定，联合体各方应当签订共同投标协议，明确约定各方拟承担的工作和责任，并将共同投标协议连同投标文件一并提交招标人。这一规定明确了联合体协议书与投标文件一同提交的要求，旨在确保招标人在评标过程中能够全面、准确地了解联合体各方的权利义务关系以及项目实施的具体安排，从而做出合理的评标决策。如果将联合体协议书原件单独提交给招标代理，而不与投标文件放在一起，可能不符合法律规定的提交方式，存在被认定为投标文件不完整的法律风险。
从招标实践角度
在招标实践中，招标文件通常会明确规定投标文件的组成和提交要求。联合体协议书作为投标文件的重要组成部分，其原件的提交方式也会在招标文件中进行明确说明。一般情况下，招标文件会要求将联合体协议书原件放置在投标文件的特定位置，以便于招标人和评标委员会进行查阅和审核。如果投标人未按照招标文件的要求提交联合体协议书原件，可能会导致投标被拒绝。此外，单独提交联合体协议书原件给招标代理，可能会因为提交时间、地点或方式等方面的差异，导致协议书原件未能及时、准确地与投标文件进行关联，从而影响投标的顺利进行。
从风险防范角度
将联合体协议书原件与投标文件一同提交，可以有效降低因文件提交不当而引发的风险。一方面，这可以确保联合体协议书原件在评标过程中得到及时、有效的审查，避免因协议书缺失或不符合要求而导致投标失败。另一方面，这也有助于维护联合体各方的合法权益，防止因协议书提交问题而引发的纠纷和损失。如果单独提交联合体协议书原件给招标代理，可能会因为代理机构的疏忽或失误，导致协议书原件丢失、损坏或未能及时转交招标人，从而给联合体各方带来不必要的麻烦和损失。
特殊情况处理
虽然原则上联合体协议书原件应当与投标文件一同提交，但在某些特殊情况下，如果招标文件允许或者招标人同意，联合体协议书原件也可以单独提交给招标代理。然而，在这种情况下，投标人应当确保单独提交的协议书原件与投标文件中的协议书内容完全一致，并且要在规定的时间内按照招标人或招标代理机构的要求进行提交。同时，投标人还应当保留好提交协议书原件的相关证据，以备不时之需。
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