结论：未经政府批准转让划拨土地的使用权及地上房屋，转让合同在债权层面并不因此自动无效，但物权变动需依法办理登记，且未经批准的转让行为可能面临政府监管和处罚风险。不过，若严格按照相关司法解释的严格解读，未经批准的转让合同可能被认定为无效，具体需结合实际情况和最新司法实践判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同效力角度
《民法典》下的合同效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百一十五条，当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者当事人另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。这意味着，在债权层面，未经批准的划拨土地转让合同自成立时即生效。
司法解释的特殊规定：
- 然而，根据《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》的相关规定，土地使用权人未经有批准权的人民政府批准，与受让方订立合同转让划拨土地使用权的，应当认定合同无效。这一规定体现了司法对划拨土地转让的严格监管态度。
二、物权变动角度
- 尽管合同在债权层面可能有效，但划拨土地的物权变动仍需按照法定程序办理登记。未经政府批准的划拨土地转让，在物权层面可能无法完成变更登记，导致受让方无法取得完整的物权。
三、法律后果与风险
合同无效的法律后果：
- 如果转让合同被认定为无效，根据《民法典》的相关规定，双方需恢复原状，即转让人退还已收款项，受让人返还土地占有（如已交付）。同时，过错方需赔偿对方因此遭受的损失。
政府监管与处罚风险：
- 未经批准擅自转让划拨土地使用权的，还可能面临政府监管和处罚风险，如没收非法所得、罚款等。
四、实务操作建议
遵守法律法规：
- 在进行划拨土地转让前，务必确保获得有批准权的人民政府的批准，并按照规定程序办理土地使用权出让手续和缴纳出让金。
风险评估与应对：
- 在进行划拨土地转让前，应进行充分的风险评估，了解可能面临的政府监管和处罚风险，并制定相应的应对措施。例如，可以在合同中明确约定“以政府批准为生效条件”，以降低法律风险。
法律咨询：
- 由于划拨土地转让涉及复杂的法律问题，建议在进行此类交易前向我咨询，以确保交易的合法性和安全性。我可以根据具体情况提供详细的法律意见和操作建议。
五、案例分析
- 以最高人民法院的案例（如（2021）最高法民申7115号民事裁定书）为例，该案例支持了即使合同签订及相关法律事实发生在《民法典》施行前，法院也根据最新司法解释的精神认定合同有效的观点。但需注意，这并不意味着所有未经批准的划拨土地转让合同都有效，具体还需结合案件事实和司法实践判断。
总结：未经政府批准转让划拨土地的使用权及地上房屋，转让合同的效力存在不确定性。从《民法典》的角度看，合同在债权层面可能有效；但从司法解释的严格解读来看，未经批准的转让合同可能被认定为无效。因此，在进行此类交易时，务必确保获得政府的批准并按照规定程序办理相关手续，以降低法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。