结论：公司能否在5年后起诉，取决于多个因素，包括公司是否知道或应当知道员工收钱的行为、该行为的性质、是否构成犯罪以及诉讼时效等。以下从不同角度进行分析：
一、诉讼时效角度
民事诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一般的民事诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
- 在您描述的情况下，如果公司知道员工收钱的行为后，认为其权益受到损害，并希望追究员工的民事责任（如赔偿损失），那么公司需要在知道或应当知道之日起三年内提起诉讼。如果超过了三年，且没有特殊情况（如公司一直不知道或无法知道该行为），则公司可能丧失胜诉权。但需要注意的是，如果公司一直不知道该行为，且该行为持续存在，那么诉讼时效可能从公司知道或应当知道之日起计算，且最长不超过二十年。
刑事诉讼追诉时效：
- 如果员工收钱的行为构成犯罪（如受贿罪、非国家工作人员受贿罪等），那么公司或相关机关（如公安机关）需要在追诉时效期限内提起刑事诉讼。
- 追诉时效的期限根据犯罪的法定最高刑确定，例如：法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年；法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，追诉时效为十年；以此类推，最长追诉时效为二十年。
- 在您描述的情况下，如果员工收钱的行为构成犯罪，且该犯罪的法定最高刑在五年以上，那么公司或相关机关在五年后仍然有可能提起刑事诉讼，只要未超过相应的追诉时效期限。
二、行为性质角度
如果收钱行为构成犯罪：
- 如前所述，如果员工收钱的行为构成犯罪，那么公司或相关机关可以在追诉时效期限内提起刑事诉讼。此外，公司还可以根据内部规章制度对员工进行纪律处分，如开除、罚款等（但罚款需符合法律法规的规定，不能随意设定罚款金额）。
如果收钱行为不构成犯罪，但违反公司规章制度：
- 如果员工收钱的行为不构成犯罪，但违反了公司的规章制度，那么公司可以根据规章制度对员工进行纪律处分。这种情况下，公司提起的是内部纪律处分程序，而非诉讼程序。但需要注意的是，公司制定的规章制度需要符合法律法规的规定，且不能侵犯员工的合法权益。
三、实际操作建议
对于公司：
- 如果公司发现员工有收钱的行为，应尽快进行调查核实，并根据调查结果采取相应的措施。如果认为该行为构成犯罪或严重违反公司规章制度，应及时向相关机关报案或根据公司规章制度进行处理。
- 同时，公司应加强内部管理，完善规章制度，明确员工的行为准则和违规处理措施，以预防类似事件的发生。
对于员工：
- 如果员工被公司发现收钱的行为，应积极配合公司的调查，并如实说明情况。如果认为公司的处理决定不合理或违法，可以依法维护自己的合法权益。
- 同时，员工应增强法律意识，遵守法律法规和公司规章制度，避免从事违法违规行为。
总结：公司能否在5年后起诉员工收钱的行为，取决于多个因素的综合考虑。如果涉及刑事犯罪且未超过追诉时效期限，公司或相关机关可以提起刑事诉讼；如果涉及民事纠纷且未超过诉讼时效期限，公司可以提起民事诉讼；如果仅违反公司规章制度，则公司可以根据规章制度进行处理。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。