加盟店流水进总部是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合法情形

1. 合同约定：

   • 如果加盟合同中明确约定了加盟店的流水（如营业收入、销售款项等）需进入总部账户，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种安排是合法的。合同是双方意思自治的体现，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，就应当受到法律保护。

2. 总部提供必要服务：

   • 在某些情况下，总部可能为加盟店提供统一的管理、培训、采购、物流等服务，并因此要求加盟店将部分或全部流水进入总部账户，以用于支付这些服务的费用。如果这种安排是合理的，且双方在合同中明确约定，那么也是合法的。

二、不合法情形

1. 违反法律法规：

   • 如果加盟合同中的相关约定违反了法律法规的强制性规定，如涉及非法集资、偷税漏税等，那么这种安排就是不合法的。例如，如果总部要求加盟店将流水进入总部账户，但并未提供相应的服务或产品，且以此方式非法吸收公众资金，就可能构成非法集资。

2. 侵犯加盟店权益：

   • 如果总部未经加盟店同意，擅自要求加盟店将流水进入总部账户，或者虽然合同中有约定，但该约定显失公平，严重侵犯了加盟店的合法权益，那么这种安排也是不合法的。例如，总部可能利用其在合同中的优势地位，要求加盟店承担不合理的费用或风险。

三、法律建议

1. 审查合同条款：

   • 加盟店在签订加盟合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于流水管理的部分。确保合同中的约定合法、合理，且不侵犯自身的合法权益。

2. 了解总部资质和信誉：

   • 在加盟前，加盟店应了解总部的资质和信誉情况。选择具有合法经营资质、良好信誉和稳定经营状况的总部进行合作，以降低合作风险。

3. 咨询专业律师：

   • 如果加盟店对合同条款或总部的要求存在疑问或担忧，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和建议，帮助加盟店维护自身权益。

总结来说，加盟店流水进总部是否合法，取决于合同约定、总部提供的服务以及是否违反法律法规等因素。加盟店在签订合同前应仔细审查合同条款，了解总部资质和信誉情况，并在必要时咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。