请假三天扣六天工资，在大多数情况下是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法情况分析
规章制度依据明确且程序合法：
- 用人单位若通过民主程序制定了规章制度，并已向劳动者公示，明确规定在某些情形下（如旷工、迟到早退达到一定次数等）可以扣除相应工资，且该扣除行为与请假行为直接相关且合理，那么这种扣除可能具有合法性基础。但“请假三天扣六天工资”通常超出了合理范围，除非规章制度中有特别且合理的规定。
劳动者原因造成经济损失：
- 若劳动者因自身故意或重大过失行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿。但赔偿金额应从劳动者工资中扣除时，需遵循每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准的原则。“请假三天扣六天工资”显然不符合这一原则。
特定假期与工资支付：
- 对于法定节假日、年休假、婚假、丧假、探亲假、病假等带薪假期，根据《劳动法》第51条，用人单位应正常支付工资，不得克扣。若请假属于这些带薪假期范畴，则扣除工资是不合法的。
- 对于事假，法律虽未对事假工资扣除作出统一规定，但原则上是按实际未提供劳动的天数扣除工资，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。“请假三天扣六天工资”显然违反了这一原则。
不合法情况分析
无故克扣工资：
- 在劳动者正常工作、无违规违纪行为，且请假行为符合公司规定的情况下，用人单位无故克扣工资是违法的。我国法律明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
扣除比例不合理：
- “请假三天扣六天工资”意味着扣除的工资比例远超过了实际未提供劳动的天数，这种做法缺乏合理性，也违反了法律关于工资支付的规定。
劳动者应对措施
沟通协商：
- 首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣工资的理由，并提供相应的证据和规章制度依据。若用人单位无法提供合理依据，则其扣除行为可能不合法。
投诉举报：
- 若协商不成，劳动者可向劳动监察部门投诉，要求用人单位支付被扣工资。劳动监察部门将依法进行调查处理，维护劳动者的合法权益。
劳动仲裁或诉讼：
- 在必要时，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。劳动仲裁机构或法院将根据事实和法律进行裁决，确保劳动者的工资得到合法支付。
总结：请假三天扣六天工资在大多数情况下是不合法的。劳动者应了解自己的权利，并在遭遇此类情况时积极采取合法途径维护自身权益。同时，用人单位也应严格遵守法律法规，确保工资支付的合法性与合理性。如果你有任何法律问题，可以直接向我咨询。