结论：天然气公司收取补交费后开具天然气发票，在符合相关税务和业务规定的情况下是合法的，但需满足特定条件；若不满足条件，则可能不合法。

1. 从税务合规角度分析
   根据《中华人民共和国发票管理办法》及税法规定，销售方开具发票的内容应与实际交易内容一致。若天然气公司收取的补交费属于用户过去使用天然气但未缴费的补缴款项，且该补缴费用本质上仍属于天然气销售款项（即用户实际消费了天然气但未及时支付费用），则公司开具“天然气”发票是合法的。这符合“发票内容与实际交易一致”的原则。
   但需注意：若补交费包含其他费用（如滞纳金、违约金等非天然气销售款项），则公司应将这部分费用单独列示或开具其他类型发票（如“服务费”发票），否则可能涉嫌虚开发票或偷逃税款。

2. 从合同与业务逻辑角度分析
   若用户与天然气公司签订的供气合同中明确约定“补交费属于天然气销售款项的组成部分”，或公司能证明补交费与天然气消费直接相关（如通过用气量记录、欠费通知等证据），则开具天然气发票具有合同和业务依据。
   反例：若补交费是因用户违约（如擅自改动管道）而收取的罚款，或与公司供气业务无关的其他费用，则开具天然气发票可能违反合同约定，甚至构成欺诈。

3. 从用户权益保护角度分析
   用户有权要求天然气公司说明补交费的具体构成。若公司无法提供合理依据，或强行将非天然气费用开具为天然气发票，用户可向税务机关举报（虚开发票）或通过法律途径主张权利（如要求重新开具合规发票、退还多收费用等）。

建议：

• 对天然气公司：确保补交费的性质与发票内容一致，保留相关交易证据（如合同、用气记录、欠费通知等），避免税务风险。
  
• 对用户：若对发票内容有疑问，可要求公司出具书面说明或补交费明细，必要时向当地税务部门或市场监管部门投诉。
  

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