农用基地有复耕手续一般不算违建，但具体还需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

从复耕手续的法律意义角度

复耕手续是相关部门依据法律法规，对农用基地恢复耕种条件所进行的审批和确认。这一手续的办理，意味着该农用基地在规划、用途等方面符合恢复耕种的要求，经过了相关部门的审核和许可。从法律层面来讲，它是对农用基地合法使用的一种认可，所以在正常情况下，有复耕手续的农用基地不会被认定为违建。例如，某块原本用于非农业建设的土地，在经过整改和申请后获得了复耕手续，重新用于农业生产，这就是合法合规的行为。

从实际建设情况与复耕手续一致性角度

虽然农用基地有复耕手续，但如果在实际建设过程中，没有按照复耕手续的要求进行操作，就可能存在违建的风险。比如，复耕手续中明确规定了建设的规模、用途、建筑结构等要求，但实际建设时超出了这些规定范围，改变了土地的用途或者建设了不符合要求的建筑物、构筑物等。这种情况下，即使有复耕手续，也可能因为实际建设情况与手续不符而被认定为违建。例如，复耕手续要求建设的是用于农业生产的简易仓库，但实际却建设了大型的商业建筑，这就明显违反了相关规定。

从土地性质和规划角度

农用基地的土地性质和规划也是判断是否为违建的重要因素。如果该农用基地的土地性质本身就是农业用地，且符合当地的土地利用总体规划和城乡规划，那么在办理了复耕手续后，按照规定进行建设和使用，一般不会被认定为违建。但如果土地性质发生了改变，比如原本是农业用地，却被擅自改变为建设用地，即使办理了复耕手续，也可能因为土地性质的不合法而面临违建的认定。另外，如果该农用基地的建设不符合当地的土地利用总体规划和城乡规划，例如在禁止建设的区域内进行建设，那么即使有复耕手续，也可能被认定为违建。

法律后果方面

如果农用基地被认定为违建，可能会面临一系列的法律后果。根据相关法律法规，违建可能会被责令限期拆除、没收违法所得、罚款等。对于情节严重的，还可能对相关责任人进行行政处罚甚至追究刑事责任。所以，在农用基地的建设和使用过程中，一定要确保合法合规，严格按照复耕手续和相关规定进行操作。

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