针对您提出的问题，即货物运输代理人接受委托方委托后再委托给运输公司，并取得开给委托方的发票应如何处理，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确几个关键点：货物运输代理人的角色、发票的开具与接收，以及相关的税务处理。

1. 货物运输代理人的角色：

   • 货物运输代理人作为中间方，接受委托方的委托，负责安排货物的运输。
   • 代理人再委托给实际的运输公司进行货物的运输。

2. 发票的开具与接收：

   • 运输公司完成运输服务后，会向货物运输代理人（或直接向委托方，根据具体业务安排）开具运输发票。
   • 在您描述的场景中，发票是开给委托方的，这意味着运输公司可能直接与委托方进行了结算，或者代理人以委托方的名义与运输公司进行了结算。

3. 税务处理：

   • 对于货物运输代理人：
     • 如果代理人以自己的名义与运输公司结算，并收到运输公司开具的发票（尽管此发票最终可能转交给委托方或用于其他目的），代理人应确保该发票的合规性，并按照税务规定进行账务处理。
     • 代理人向委托方收取费用时，如果提供了代理服务，可能需要开具自己的服务发票给委托方，并缴纳相应的增值税（如果代理人是增值税纳税人）。
   • 对于发票的处理：
     • 如果发票直接开给委托方，且代理人只是作为中间方进行协调，不直接参与结算，那么代理人通常不需要对该发票进行特别的税务处理。但代理人应确保运输服务的实际提供与发票内容一致，并保留好相关证据以备税务检查。
     • 如果代理人需要就代理服务向委托方开具发票，那么代理人应按照其提供的服务内容（如代理费、协调费等）开具相应的服务发票，并缴纳增值税。

4. 特殊情况与注意事项：

   • 如果代理人与委托方之间的合同或协议中明确规定了发票的开具方式、税务责任等，那么代理人应严格按照合同或协议执行。
   • 代理人应关注税务法规的变化，特别是与货物运输代理、增值税等相关的政策，以确保自己的业务操作符合税务要求。

5. 实际操作建议：

   • 代理人应与委托方和运输公司明确各自的税务责任和发票开具方式，以避免税务风险。
   • 代理人应建立健全的财务管理制度，确保所有业务操作都有清晰的记录和证据支持。
   • 在必要时，代理人可以咨询专业的税务顾问或会计师，以获取更具体的税务指导和建议。

综上所述，货物运输代理人在处理接受委托方委托后再委托给运输公司并取得开给委托方的发票时，应明确自己的角色和责任，确保发票的合规性，并按照税务规定进行账务处理。同时，代理人应与委托方和运输公司明确税务责任和发票开具方式，以降低税务风险。