公司扣留员工手机一般是不合法的，以下从不同角度进行分析：
法律角度
个人财产权保护：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，公民的合法私有财产受法律保护，禁止任何组织或者个人侵占、哄抢、破坏。手机作为员工的个人财产，公司无权随意扣留。
劳动法相关规定：
- 虽然《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》赋予了公司在特定情况下对员工进行管理的权利，但这些权利并不包括扣留员工个人财产。公司若因员工违反规章制度而采取处罚措施，应限于警告、罚款（需符合地方性法规）、解除劳动合同等合法手段，而非扣留个人物品。
实际操作角度
公司规章制度的合法性：
- 即使公司规章制度中规定了扣留手机的条款，该条款也可能因违反法律法规而无效。公司规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定与公示，才能作为管理员工的依据。若规章制度中存在侵犯员工合法权益的条款，这些条款将不被法律认可。
扣留手机的合理性：
- 在实际操作中，公司扣留员工手机往往缺乏合理性和必要性。员工使用手机可能出于工作需要（如接收工作邮件、查看工作群消息等），或个人紧急情况（如接听家人电话、处理紧急事务等）。公司无权因员工使用手机而一概扣留，这既侵犯了员工的个人财产权，也可能影响员工的正常工作和生活。
特殊情况处理
员工涉嫌违法或违规：
- 若员工使用手机进行违法活动（如泄露公司机密、传播谣言等），公司应及时报警并配合警方调查，而非自行扣留手机。在警方介入后，手机可能作为证据被依法扣押，但这是法律程序的一部分，与公司自行扣留有本质区别。
员工同意扣留：
- 在极少数情况下，员工可能出于某种原因（如配合公司调查、接受处罚等）同意公司扣留手机。但这种情况必须基于员工的自愿和明确同意，且公司应确保扣留行为不会侵犯员工的合法权益。
建议与指导
对公司：
- 公司应制定完善、合理的规章制度，明确员工在工作期间使用手机的规定和处罚措施。但这些规定必须合法、合理，且经过民主程序制定与公示。在处理员工使用手机问题时，公司应遵循法律法规和公司规章制度，确保处理决定的合法性和合理性。
对员工：
- 员工应了解并遵守公司的规章制度，合理使用手机，避免在工作期间过度使用或进行与工作无关的活动。若公司无正当理由扣留手机，员工有权拒绝并要求公司归还。若公司坚持扣留或采取其他不当措施，员工可通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，公司扣留员工手机一般是不合法的。在实际操作中，公司和员工都应遵循相关法律法规和规章制度，确保各自行为的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。