营业执照不过户只签协议，该协议在特定条件下有效，但存在法律风险，且可能无法完全保障双方权益。以下从不同角度进行分析：

一、协议的有效性

1. 法律原则：根据《民法典》的相关规定，民事法律行为只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是有效的。因此，如果双方签订的协议内容合法，且双方均具备完全民事行为能力，那么该协议在形式上可能是有效的。

2. 特定条件：然而，营业执照的过户涉及到公司经营权的转移，这不仅仅是一个简单的合同问题。如果协议中仅约定了营业执照的“使用权”或“管理权”的转移，而未办理正式的过户手续，那么这种约定可能无法对抗第三人，也可能无法完全保障双方的权利和义务。特别是在涉及公司债务、法律责任等方面，未过户的营业执照可能带来诸多法律风险。

二、法律风险

1. 对出让方的风险：如果营业执照未过户，出让方可能仍需对公司的一些法律行为承担责任。例如，如果公司在未过户期间发生了违法行为或债务纠纷，出让方可能因仍为营业执照上的法定代表人或负责人而被追究责任。

2. 对受让方的风险：对于受让方而言，未过户的营业执照可能使其无法充分行使公司的经营权。在办理一些需要营业执照原件的业务时，如银行开户、签订合同等，可能会遇到障碍。此外，如果出让方在未过户期间撤销了协议或进行了其他不利于受让方的行为，受让方可能难以维护自己的权益。

三、建议与措施

1. 办理过户手续：为了避免法律风险，建议双方在签订协议后尽快办理营业执照的过户手续。这不仅可以确保双方的权利和义务得到明确和保障，还可以避免因未过户而带来的各种法律问题。

2. 完善协议内容：如果双方确实因某种原因无法立即办理过户手续，那么应在协议中明确约定双方的权利和义务、违约责任以及争议解决方式等条款。这样可以在一定程度上降低法律风险，并在发生纠纷时提供明确的法律依据。

3. 咨询专业律师：在签订协议和办理过户手续过程中，建议双方咨询专业律师的意见。律师可以根据双方的具体情况和需求，提供针对性的法律建议和帮助，确保双方的权益得到充分保障。

总结来看，虽然营业执照不过户只签协议在形式上可能有效，但存在诸多法律风险。为了确保双方的权益得到充分保障，建议尽快办理过户手续，并在协议中明确约定双方的权利和义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。