在处理申请撤销监护人资格案件中，若申请人撤回申请，法院的处理方式需依据相关法律法规及案件具体情况来综合判断。以下是对此问题的详细解答：

一、撤回申请的法律依据与原则

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，申请人在诉讼过程中有权撤回其申请。这一权利同样适用于申请撤销监护人资格的案件。法院在处理此类撤回申请时，应遵循自愿、合法、不损害国家、集体和他人利益的原则。

二、撤回申请的具体处理流程

1. 审查撤回申请的合法性：

   • 法院首先需审查申请人撤回申请是否出于自愿，是否存在被胁迫、欺诈等情形。
   • 确认撤回申请是否违反法律法规的强制性规定，是否损害国家、集体或他人的合法权益。

2. 作出裁定：

   • 若撤回申请合法且符合上述原则，法院应作出准予撤回申请的裁定。
   • 裁定应明确说明准予撤回的理由，并告知当事人相关权利义务。

3. 终止诉讼程序：

   • 一旦裁定准予撤回申请，法院应终止该撤销监护人资格案件的诉讼程序。
   • 案件终止后，原监护人资格继续有效，除非存在其他法定事由导致监护人资格被撤销。

三、特殊情况下的处理

1. 若撤回申请可能损害被监护人利益：

   • 法院在审查撤回申请时，若发现撤回可能损害被监护人的身心健康或合法权益，应不予准许。
   • 法院可依职权或依申请，继续审理案件，并依法作出撤销监护人资格的判决。

2. 若撤回申请后，原监护人继续不履行监护职责：

   • 即使申请人撤回申请，若原监护人继续怠于履行监护职责或实施损害被监护人利益的行为，其他依法具有监护资格的人或组织仍可再次向法院申请撤销其监护人资格。

四、案例分析参考

以您提供的案例为例，若在诉讼过程中，申请人（如陈某丙或梁某、祝某）撤回撤销监护人资格的申请，法院将按照上述流程进行审查。若撤回申请合法且不损害被监护人利益，法院将准予撤回，并终止诉讼程序。然而，若撤回申请可能损害被监护人利益（如小亮落户困难、生活无保障等），法院则可能不予准许，并继续审理案件，以保障被监护人的合法权益。

五、建议与总结

• 申请人应谨慎考虑撤回申请：在决定撤回申请前，申请人应充分评估撤回可能带来的后果，确保不会损害被监护人的利益。
• 法院应严格审查撤回申请：法院在处理撤回申请时，应严格审查其合法性及是否损害被监护人利益，确保司法公正与效率。
• 加强监护人监督与保护机制：为防止类似情况再次发生，建议加强监护人监督与保护机制，定期对监护人履行职责情况进行评估，确保被监护人的合法权益得到有效保障。

综上所述，当申请人在申请撤销监护人资格案件中撤回申请时，法院将依据相关法律法规及案件具体情况进行综合判断，并作出相应处理。