核心前提：拆迁协议上登记的两套房产为兄弟两人共有，现需分割为各自独立产权。
结论前置：

1. 若拆迁协议允许分割：可通过协商或诉讼途径，依据《民法典》物权编及地方拆迁政策，办理产权变更登记。
   
2. 若拆迁协议不允许分割：需通过家庭内部协议、赠与或买卖等方式，重新确权并办理过户手续。
   

具体分析：

情况一：拆迁协议允许分割（如明确约定可分户）

1. 协商分割：

   • 兄弟两人可签订《产权分割协议》，明确各自房产的归属（如按面积、楼层或价值分配）。
     
   • 协议需经双方签字确认，并附上拆迁协议、身份证、户口本等材料。
     
   • 持协议至当地不动产登记中心，申请办理产权变更登记（需缴纳契税、印花税等费用）。
     

2. 诉讼分割：

   • 若协商不成，可向法院提起“共有物分割纠纷”诉讼，请求法院判决分割房产。
     
   • 法院会根据拆迁政策、房产实际使用情况、双方贡献等因素，判决产权归属。
     
   • 判决生效后，持法院文书至不动产登记中心办理过户。
     

情况二：拆迁协议不允许分割（如未约定或明确禁止）

1. 家庭内部协议：

   • 兄弟两人可签订《赠与协议》或《买卖合同》，将其中一套房产赠与或出售给一方。
     
   • 赠与需缴纳契税（3%-5%）、公证费等；买卖需缴纳增值税、个税等（具体以地方政策为准）。
     
   • 办理过户时，需提供赠与/买卖合同、完税证明、身份证等材料。
     

2. 通过拆迁部门协调：

   • 部分地区拆迁政策允许“分户安置”，即兄弟两人可分别与拆迁方签订补充协议，明确各自房产的归属。
     
   • 需提供户口本、分家协议等材料，经拆迁方审核后，重新办理产权登记。
     

注意事项：

1. 地方政策差异：拆迁补偿政策因地区而异，需以当地政府文件为准（如是否允许分户、税费标准等）。
   
2. 税费成本：分割房产可能涉及契税、个税、增值税等，需提前核算成本。
   
3. 协议效力：家庭内部协议需符合《民法典》规定，避免因显失公平或胁迫导致无效。
   

建议：

• 优先通过协商或拆迁部门协调解决，降低诉讼成本。
  
• 办理过户前，务必核实当地不动产登记中心的要求，确保材料齐全。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或政策解读。