关于自建房安装水表后水费高于生活用水是否合法的问题，结论需分情况讨论：

1. 若水费差异基于合理分类计价，则合法
   根据《城市供水价格管理办法》及地方实施细则，供水企业可对不同用水性质（如居民生活用水、工业用水、商业用水等）实行分类计价。若自建房被认定为“非居民生活用水”（例如用于经营、出租或存在其他非居住用途），则水费标准可能高于居民生活用水。
   关键点：需核实当地供水部门对用水性质的认定依据。若自建房实际用途与分类标准一致（如部分区域用于商铺），则水费差异合法。

2. 若水费差异无合法依据，则可能违法
   若自建房完全为自住用途，且供水部门未提供合理分类依据，仅因“自建房”身份单方面提高水费，则涉嫌违反《价格法》中“经营者不得利用虚假或使人误解的价格手段诱骗消费者”的规定。此外，若供水合同未明确约定水费标准，用户有权要求按当地居民生活用水价格执行。
   建议行动：

   • 要求供水部门出具书面用水性质认定文件及计价依据；
     
   • 核对供水合同条款，确认是否包含水费标准约定；
     
   • 若协商无果，可向当地物价部门或市场监管局投诉。

3. 特殊情形：自建房未纳入市政供水体系
   若自建房通过自打井、独立供水系统等非市政渠道用水，水费标准可能由物业或村集体自行制定。此时需核查：

   • 收费是否经过业主大会或村集体民主议事程序通过；
     
   • 收费项目是否包含合理成本（如设备维护、电费等）；
     
   • 是否超出政府指导价范围（如有）。
     法律风险：若收费未履行民主程序或成本不透明，可能涉及“乱收费”，用户可要求整改或通过法律途径解决。

进一步建议：

• 优先与供水部门沟通，明确用水性质及计价依据；
  
• 保留水费账单、供水合同等证据；
  
• 若涉及金额较大或协商困难，可委托律师介入调查或提起行政诉讼。
  

如有具体细节（如用水性质争议、合同条款等），可进一步向我说明，我将为您定制法律方案。