三方协议未签字则不生效，无需特别作废。以下是对此问题的详细分析：

一. 三方协议的法律效力

1. 协议生效条件：根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，合同或协议经各方当事人签字或盖章后生效。若三方协议中明确规定了生效条件，如需各方签字或盖章，则未满足该条件时协议不生效。
2. 未签字协议的状态：在本案例中，三方协议申请了但未签字，意味着该协议尚未成立，也就不具备法律效力，因此无需通过特别程序来作废。

二. 实际操作建议

1. 确认协议状态：首先，建议确认三方协议的具体状态，即是否确实未签字。若协议中已有部分方签字，则需根据协议内容判断其法律效力。
2. 沟通协商：若协议确实未签字，且各方均无意继续履行，则可通过口头或书面形式告知各方协议未生效，无需进一步操作。若某方已基于未生效的协议采取了行动，建议及时沟通协商，避免产生不必要的纠纷。

三. 后续注意事项

1. 保留证据：虽然协议未生效，但建议保留与协议相关的所有文件、邮件等证据，以备不时之需。
2. 谨慎处理：在未来的合作中，应更加谨慎地处理协议签订事宜，确保各方在充分协商并达成一致意见后，再正式签订协议。

我的观点：三方协议未签字则不生效，无需特别作废。但建议各方在沟通协商后，以书面形式确认协议未生效的事实，以避免未来可能产生的纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。