事业单位工作人员连续两年考核不合格，确实存在被辞退的可能性，但并非绝对，需结合具体情况与相关程序综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与辞退情形
《事业单位人事管理条例》的相关规定：
- 根据该条例，若事业单位工作人员年度考核不合格且不同意调整工作岗位，或者连续两年年度考核不合格，事业单位在提前30日书面通知后，有权解除聘用合同。这一规定直接关联到您的问题，即连续两年考核不合格是事业单位可以解除聘用合同的法定情形之一。
其他可能的辞退情形：
- 除了连续两年考核不合格外，事业单位工作人员若存在旷工、严重违反工作纪律或职责、被依法追究刑事责任等情形，同样可能被辞退。但这些情形与您的问题不直接相关，故在此不作详细展开。
二、辞退程序与保障
辞退程序：
- 事业单位在决定辞退工作人员前，应进行充分的调查核实，确保辞退理由充分、证据确凿。
- 在作出辞退决定前，应听取被辞退人员的陈述和申辩，保障其合法权益。
- 事业单位需出具解除或者终止聘用合同的证明，并在十五日内为被辞退人员办理档案和社会保险关系转移手续。
被辞退人员的权益保障：
- 被辞退人员如认为单位的辞退决定不合理或不符合规定，可通过申诉、仲裁等法律途径来维护自身权益。
- 根据工作年限，被辞退人员还有权获得相应的经济补偿。
三、实际操作中的注意事项
考核机制的合法性与合理性：
- 事业单位应确保考核机制的合法性和合理性，避免将考核不合格简单等同于不胜任工作。考核不合格可能是多种因素导致的，而不胜任工作则需经过培训或调岗后仍然无法改善才能确定。
与员工的沟通与协商：
- 在决定辞退之前，事业单位应与员工进行充分的沟通和协商，明确告知绩效考核结果及其可能带来的后果，并听取员工的意见和解释。同时，应考虑提供培训或调整工作岗位的机会。
员工的自我保护与救济途径：
- 作为员工，应了解自己的权益和可能的救济途径。如认为用人单位的辞退行为违法或不公，可以申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。
四、建议与总结
- 对于事业单位工作人员：应严格遵守单位规章制度，积极履行工作职责，努力提升工作表现，以避免被辞退的风险。同时，也应了解并掌握相关的法律知识，以便在必要时能够依法维护自身的合法权益。
- 对于事业单位：在辞退员工时，必须遵循合法程序和规定，确保决定的公正性和合法性。同时，也应考虑提供必要的培训和调整工作岗位的机会，以帮助员工改善工作表现。
总结来说，连续两年考核不合格是事业单位可以解除聘用合同的法定情形之一，但并非绝对。在实际操作中，还需结合具体情况与相关程序进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。