项目工程变更过大时，应按照以下手续和程序进行处理，以确保变更合法合规并减少法律风险：

1. 确认变更的合法性与必要性
   首先需明确工程变更是否符合合同约定、法律法规及行业标准。若变更涉及合同条款修改（如工期、价款、质量标准等），应依据《民法典》合同编相关规定，确认变更是否属于双方协商一致的结果。若因设计缺陷、不可抗力或业主需求调整导致变更，需留存书面证据（如会议纪要、设计变更通知单等）。

2. 履行内部审批程序
   根据《建设工程质量管理条例》及企业内部管理规定，变更需经建设单位、设计单位、施工单位、监理单位四方确认。具体流程包括：

   • 提出变更申请：由责任方（如设计单位或业主）提交变更说明及技术方案；
     
   • 技术可行性审查：设计单位评估变更对结构安全、功能实现的影响；
     
   • 经济合理性审核：造价咨询单位核算变更导致的成本增减；
     
   • 审批签字：四方代表签署《工程变更联系单》，明确变更内容、责任划分及工期调整。

3. 签订补充协议
   若变更涉及合同实质性条款（如价款超过合同总额10%、工期延长超过30日），需签订书面补充协议。根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可变更合同，但未采用书面形式且无法证明的，可能被认定为未变更。补充协议应明确：

   • 变更范围及技术要求；
     
   • 价款调整方式（如综合单价法、总价包干法）；
     
   • 工期顺延计算依据；
     
   • 违约责任条款（如因变更导致质量问题的责任归属）。

4. 办理行政备案或审批
   部分工程变更需向主管部门备案或重新报批，例如：

   • 规划变更：涉及建筑规模、层数、使用功能调整的，需向自然资源部门申请《建设工程规划许可证》变更；
     
   • 施工许可变更：工期延长超过6个月或造价增加超过备案价20%的，需重新申请施工许可证；
     
   • 消防设计审查：若变更影响消防设施布局，需重新通过消防设计审查。

5. 留存全过程证据
   变更过程中应形成完整证据链，包括：

   • 变更指令的书面文件（如邮件、函件）；
     
   • 四方会签的变更记录；
     
   • 变更前后的图纸对比；
     
   • 造价核算依据及支付凭证。
     这些证据在后续结算、审计或纠纷解决中至关重要。

风险提示：若未履行法定程序擅自变更，可能面临行政处罚（如责令停工、罚款）或民事赔偿（如其他参建方主张损失）。建议定期对变更管理流程进行合规审查，必要时委托第三方机构进行专项审计。

如有具体变更情形需进一步分析，可直接向我咨询。