结论前置：约定由第三方公司代开发票的效力需分情况讨论，其合法性及有效性取决于具体操作模式、合同约定及法律合规性。以下从不同角度展开分析：

1. 若第三方代开发票行为符合税法及合同约定，则具有法律效力

• 合法代开情形：根据《发票管理办法》及税法规定，若第三方公司是受委托方（如受托代收款项方）且实际发生了交易，或经税务机关批准代开发票（如小额零星经营业务），则代开发票行为合法。此时，合同中约定由第三方代开发票的条款有效，但需满足：
  • 第三方与交易双方存在合法委托关系；
  • 代开发票内容与实际交易一致；
  • 符合税务机关代开条件（如提供真实身份证明、交易合同等）。
• 示例：A公司委托B公司代收货款并代开发票，B公司实际提供了服务或商品，且按税法规定申报纳税，则该约定有效。

2. 若第三方代开发票行为违反税法或构成虚开，则约定无效且可能承担法律责任

• 违法情形：若第三方与交易双方无实际业务往来，仅以“代开”名义虚开发票（如虚构交易、金额不符、未纳税等），则属于《刑法》第205条规定的“虚开发票罪”或《税收征收管理法》第63条的偷税行为。此时：
  • 合同中约定代开发票的条款因违法而无效；
  • 交易双方及第三方可能面临罚款、滞纳金，甚至刑事责任；
  • 发票不得作为财务报销凭证，可能引发税务稽查或民事纠纷。
• 示例：C公司为D公司虚开发票以套取资金，双方无真实交易，则该约定无效，且可能被追究法律责任。

3. 合同效力与风险防范建议

• 合同条款设计：若需约定第三方代开发票，应明确：
  • 第三方资质（如是否为税务机关指定代开点）；
  • 交易真实性证明义务（如合同、物流单据等）；
  • 违约责任（如因代开发票违法导致损失的赔偿）。
• 风险防范：
  • 避免与无实际业务往来的第三方合作；
  • 定期核对发票与交易一致性；
  • 留存完整交易证据链（如合同、付款记录、服务成果等）。

总结

约定由第三方代开发票的效力需结合交易真实性、第三方资质及税法合规性综合判断。合法代开可有效，但违法代开将导致合同无效及法律风险。如有具体案例或合同条款需审查，可直接向我咨询，我将结合细节提供进一步分析。