农业行政处罚中的警告可以和责令整改通知书合并一起发。以下从法律背景、实际操作及可能后果三个角度进行详细分析：

法律背景

根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政处罚的种类包括警告、罚款、没收违法所得、责令停产停业等多种形式。其中，警告作为一种较轻的行政处罚，旨在通过正式的方式告知违法行为人其行为的违法性，并促使其改正。而责令整改通知书，虽然不属于行政处罚法明确列举的处罚种类，但在行政管理中，它常被用作一种行政措施，要求违法行为人停止违法行为并采取措施进行整改。从法律原则上看，行政机关在行使职权时，有权根据违法行为的性质和情节，选择适当的行政措施或处罚手段，以达到维护社会秩序和公共利益的目的。

实际操作

在实际操作中，农业行政主管部门在发现违法行为时，往往会根据违法行为的严重程度和影响范围，决定是否同时发出警告和责令整改通知书。对于一些情节较轻、影响较小的违法行为，行政机关可能会选择仅发出警告，以提醒违法行为人注意并改正。然而，对于一些情节较重、影响较大的违法行为，或者虽然情节较轻但违法行为人拒不改正的情况，行政机关则可能会同时发出警告和责令整改通知书，以强化行政管理的效果。这种合并发出的方式，既体现了行政机关对违法行为的严肃态度，也给了违法行为人明确的改正方向和期限。

可能后果

如果农业行政主管部门决定同时发出警告和责令整改通知书，违法行为人应当认真对待并积极配合。一方面，警告作为一种正式的行政处罚，会对违法行为人的信用记录产生一定影响；另一方面，责令整改通知书则明确了违法行为人需要采取的具体整改措施和期限。如果违法行为人拒不改正或者整改不到位，行政机关可能会进一步采取更严厉的行政处罚措施，如罚款、没收违法所得等，甚至可能涉及刑事责任的追究。

建议：作为违法行为人，在收到农业行政主管部门的警告和责令整改通知书后，应当立即停止违法行为，并按照通知书的要求积极进行整改。如果对行政机关的决定有异议，可以通过合法的途径进行申诉或者复议，以维护自己的合法权益。如果有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。