农村自建房作为出租公寓房是否合法，需视具体情况而定。以下从合法与不合法两种情形进行详细分析：
合法情形
符合规划和建设要求：
- 自建房屋必须按照相关规定经过合法审批建设，满足当地乡村建设规划要求，包括建筑面积、层数、建筑风格等都与规划许可内容一致。
- 建设过程中需严格遵循施工标准和质量要求，确保房屋为合法建筑。例如，房屋结构安全、电气线路符合安全标准等。
遵守租赁相关法规：
- 房东需按照《商品房屋租赁管理办法》等相关规定进行房屋租赁登记备案。
- 明确租赁双方的权利和义务，确保出租房屋符合安全、消防等方面的标准和要求。例如，配备必要的消防设施，确保疏散通道畅通等。
不改变土地用途和房屋性质：
- 农村宅基地主要用于保障农村村民的居住需求，不得擅自改变其居住性质和土地用途。
- 将自建房屋作为公寓出租时，应确保不改变其原本的居住用途，避免大规模改造成商业性出租。例如，不将房屋分割成多个小房间进行群租，不改变房屋结构等。
不合法情形
未经审批建设或超规建设：
- 自建房屋若未经合法审批手续擅自建设，或建设过程中超出审批范围（如超过规定的建筑面积、层数等），则属于违法建筑，不得出租。
- 一旦被相关部门发现，可能面临拆除、罚款等处罚，租赁合同也可能被认定为无效。
改变土地用途和房屋性质：
- 若将自建房屋大规模改造成公寓用于商业性出租，明显改变了宅基地的居住性质和土地用途，则违反了土地管理相关规定。
- 此种行为可能受到土地管理部门的查处，并面临相应的法律后果，如责令恢复原状、罚款等。
不符合安全等相关标准：
- 出租的公寓若存在严重的安全隐患，如消防设施缺失、房屋结构存在安全问题、电气线路老化等，则违反了《消防法》《建筑法》等相关法律法规的要求。
- 相关部门有权责令停止出租，并要求整改；拒不整改的可能会面临更严厉的处罚，如罚款、拘留等。
法律建议
- 确保合法审批：在自建房屋前，务必确保获得相关部门的合法审批，包括规划许可证、施工许可证等。
- 遵守租赁法规：在出租房屋时，需按照相关规定进行租赁登记备案，并明确租赁双方的权利和义务。
- 保持房屋性质：避免改变房屋的居住性质和土地用途，确保出租行为符合当地规划和土地管理要求。
- 确保房屋安全：定期对出租房屋进行安全检查，确保房屋结构安全、电气线路符合安全标准等。
若无法满足上述合法条件，则农村自建房作为出租公寓房的行为可能构成违法。因此，在进行此类出租行为之前，建议房东全面了解和遵守相关法律法规，以确保行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。