公司制度规定员工迟到一次罚款50元，其合法性需根据具体情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般情况下的不合法性
罚款权力的归属：
- 在我国，罚款属于行政处罚权，其实施主体一般为行政机关，企业并不具备法律赋予的罚款权力。因此，企业直接以罚款形式对迟到员工进行经济处罚，缺乏明确的法律依据支持。
劳动法律法规的规定：
- 《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等劳动相关法律法规，并未明确赋予用人单位对员工进行罚款的权利。这意味着，用人单位不能随意以罚款作为对员工迟到的惩罚措施。
二、特殊情况下的合法性
尽管一般情况下公司罚款不合法，但在特定条件下，公司关于迟到扣工资的制度可能被认定为合法。这主要取决于以下两个因素：
民主程序制定并公示：
- 用人单位在制定涉及劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并将该规章制度进行公示或者告知劳动者。
- 若公司关于迟到扣工资的制度是通过上述民主程序制定且已向员工公示，那么在程序上是合法的。但即便如此，也需确保扣减工资的合理性。
扣减工资合理性：
- 根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 若公司能证明员工迟到确实给其造成了经济损失，并且扣减的工资数额在上述合理范围内（即不超过当月工资的20%，且扣除后不低于最低工资标准），那么这种“罚款”行为有可能被认定为合法。但实际操作中，迟到通常难以直接证明给公司造成了具体经济损失，因此这一点的适用性有限。
三、劳动者权益保护建议
若您认为公司的罚款行为侵犯了您的合法权益，可以采取以下措施维护自身权益：
- 协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，寻求合理的解决方案。例如，可以提出以加班、调休等方式弥补迟到带来的影响，而非直接罚款。
- 投诉举报：若协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并保护劳动者的合法权益。
- 申请仲裁：若投诉举报未能解决问题，您还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。仲裁裁决具有法律效力，用人单位必须履行。
总结来说，公司制度规定员工迟到一次罚款50元，在一般情况下是不合法的。但在特定条件下（如民主程序制定并公示、扣减工资合理且不超过法定限额），可能被认定为合法。若您认为公司的罚款行为侵犯了您的权益，建议采取协商、投诉举报或申请仲裁等方式维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。