法院同意被告人申请追加被告人但不书面通知申请人，确实存在程序不当的问题。以下从多个角度对此进行分析：

一、法律程序的基本要求

在司法程序中，通知是确保当事人知情权、参与权的重要环节。根据一般的法律原则，当法院作出涉及当事人权益的决定或裁定时，应当及时、准确地通知相关当事人，以便其能够充分行使自己的权利。这不仅是程序公正的基本要求，也是保障当事人合法权益的必要措施。

二、书面通知的必要性

1. 明确性：书面通知能够清晰地传达法院的决定或裁定内容，避免口头通知可能产生的误解或遗漏。
2. 证据性：书面通知可以作为当事人行使权利或履行义务的依据，具有法律效力。在后续的法律程序中，书面通知可以作为证据使用，证明法院已经履行了通知义务。
3. 正式性：书面通知体现了法院的正式性和权威性，有助于维护司法程序的严肃性和公正性。

三、不书面通知的法律后果

1. 程序违法：如果法院在同意被告人申请追加被告人后，不书面通知申请人，这可能构成程序违法。程序违法可能影响案件的公正审理和当事人的合法权益。
2. 当事人权利受损：不书面通知可能导致申请人无法及时了解法院的决定或裁定内容，从而无法充分行使自己的权利，如提出异议、申请复议等。
3. 可能引发上诉或再审：如果申请人认为法院的程序违法侵犯了其合法权益，可能会引发上诉或再审等法律程序，增加司法成本和时间成本。

四、法律依据与实务操作

虽然具体的法律规定可能因地区和案件类型而有所不同，但一般来说，法院在作出涉及当事人权益的决定或裁定时，应当遵循相关的程序规定，包括通知义务。如果法院未履行通知义务，当事人可以依法提出异议或申请复议，要求法院纠正程序违法。

在实务操作中，如果申请人发现法院未书面通知其关于追加被告人的决定或裁定，可以及时向法院提出书面异议，要求法院出具书面通知并说明理由。如果法院拒绝出具书面通知或理由不充分，申请人可以考虑向上级法院申请复议或提起上诉。

建议：如果您作为当事人遇到了类似的情况，即法院同意了被告人申请追加被告人但未书面通知您，您有权向法院提出书面异议，要求法院出具书面通知并说明理由。如果法院未予理会或处理不当，您可以考虑寻求法律援助或向上级法院申请复议或提起上诉。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。