劳务中介克扣工资的问题，主要归人力资源和社会保障部门（劳动行政部门）管理。以下是详细的分析和说明：
一、人力资源和社会保障部门（劳动行政部门）的职责
劳动用工监管：人力资源和社会保障部门是负责劳动用工监管的主要部门。他们监督劳务中介公司在劳动用工、工资支付等方面是否遵守法律法规。如果劳务中介公司存在克扣工资的行为，该部门有权进行查处，并要求公司补发工资、支付赔偿金等。
劳动合同与争议处理：该部门还负责监督劳动合同的签订和执行，处理劳动争议。如果劳动者与劳务中介公司之间因工资问题产生争议，可以向该部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
二、其他相关部门的职责
虽然人力资源和社会保障部门是处理劳务中介克扣工资问题的主要部门，但其他相关部门也可能在特定情况下介入：
市场监督管理部门：该部门负责劳务中介公司的设立登记和营业执照的发放。如果劳务中介公司存在违法经营行为，如虚假宣传、不正当竞争等，市场监督管理部门可以对其进行查处。然而，对于克扣工资这一具体问题，市场监督管理部门通常不直接处理，但会配合人力资源和社会保障部门进行调查。
公安机关：在劳务中介公司涉嫌诈骗求职者钱财、强迫劳动等刑事犯罪时，公安机关将依法介入，进行立案侦查，并追究相关责任人的刑事责任。如果克扣工资的行为涉嫌犯罪，如诈骗或敲诈勒索，劳动者也可以向公安机关报案。
三、法律建议
收集证据：如果劳动者遇到劳务中介克扣工资的情况，首先应当收集相关证据，如工资条、劳动合同、工作记录等，以证明自己的权益受到了侵害。
向人力资源和社会保障部门投诉：劳动者可以向当地的人力资源和社会保障部门投诉，要求该部门对劳务中介公司进行调查和处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果投诉无果，劳动者还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
作为劳动者，在遇到劳务中介克扣工资的问题时，不要慌张，要依法维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律建议。