结论前置：工资已经结清但检察院仍要起诉的情况，可能涉及多个法律层面的问题，需要具体分析检察院起诉的原因，再针对性地采取应对措施。以下从几个可能的角度进行分析和建议。
检察院起诉的可能原因：
- 刑事犯罪嫌疑：如果工资结清只是表面现象，而实际上存在如拖欠工资、恶意欠薪等涉嫌刑事犯罪的行为，检察院可能会根据相关证据提起公诉。例如，根据《中华人民共和国刑法》第二百七十六条之一的规定，以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
- 其他关联犯罪：除了直接的欠薪行为，如果还存在如伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章，或者伪造、变造、买卖身份证件等与工资支付相关的犯罪行为，也可能导致检察院的起诉。
- 民事纠纷升级为刑事案件：在某些情况下，原本的民事纠纷可能因涉及欺诈、伪造证据等行为而升级为刑事案件，从而引发检察院的起诉。
应对措施：
- 了解起诉原因：首先，需要尽快了解检察院起诉的具体原因和依据，这通常可以通过查阅起诉书或与检察院沟通获得。
- 准备辩护材料：根据起诉原因，准备相应的辩护材料，包括但不限于工资支付记录、劳动合同、员工考勤记录等，以证明工资已经结清且不存在其他犯罪行为。
- 寻求法律帮助：如果情况复杂或自己无法有效应对，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供专业的法律意见，协助准备辩护材料，并在法庭上代表你进行辩护。
- 积极配合调查：在检察院调查期间，应积极配合调查工作，如实提供相关信息和证据，避免逃避或抗拒调查，以免加重法律后果。
可能的法律后果：
- 如果确实存在犯罪行为：如果经法院审理后认定确实存在犯罪行为，将可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。
- 如果不存在犯罪行为：如果经法院审理后认定不存在犯罪行为，将可能被判无罪，但可能需要承担一定的民事责任，如赔偿因误解或错误起诉而给对方造成的损失。
进一步建议：在面对检察院起诉的情况时，保持冷静和理性至关重要。不要试图逃避或抗拒调查，而是应该积极配合并寻求专业的法律帮助。同时，也要对自己的行为进行反思和审视，确保在未来的工作和生活中遵守法律法规，避免类似情况的再次发生。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。