针对您提出的“营运车辆发生事故负主责时营运损失怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、责任主体与赔偿责任
在营运车辆发生交通事故且负主责的情况下，营运损失的赔偿需根据事故责任认定情况来确定。具体来说：
己方主责：若您方车辆在事故中负主要责任，那么您方需要承担大部分的营运损失。但如果您方投保了相应的商业保险（如商业第三者责任险、车辆损失险等），并且这些损失在保险合同约定的赔偿范围内，那么您可以向保险公司申请理赔。
对方责任：如果对方在事故中也有一定责任，那么对方也需要按照其责任比例承担相应的营运损失。这部分损失同样可以先由对方的交强险在责任限额内赔偿，不足部分再由对方的商业三者险或对方自行承担。
二、营运损失的计算
营运损失的计算通常按照车辆实际停运时间及正常营运时的平均日纯收入来计算。具体来说：
停运时间：根据车辆维修记录、交警部门的事故处理时间等来确定。
平均日纯收入：受害人需提供证据证实停运损失的具体数额，如近期的营运收入记录、税务证明等。若无法提供这些证据，可以参照当地同行业平均收入标准来计算。
三、赔偿主体与顺序
在赔偿过程中，应遵循以下顺序：
交强险赔偿：首先由您方或对方的交强险在责任限额内赔偿营运损失。
商业险赔偿：交强险赔偿不足的部分，再由您方或对方的商业三者险根据保险合同约定进行赔偿。
自行承担：若对方未购买商业三者险或商业三者险赔偿后仍有不足，且您方负主责，那么剩余部分可能需要由您方自行承担（但如果您方投保了相应的商业保险且符合合同约定，则这部分损失也可能由保险公司承担）。
四、特殊情况处理
肇事车辆逃逸或未投交强险：如果肇事车辆逃逸或未投保交强险，那么这部分营运损失可能需要由您方自行承担或通过其他途径（如向道路交通事故社会救助基金申请垫付）来解决。
挂靠车辆责任：如果您的车辆是以挂靠形式从事道路运输经营活动的，那么在发生交通事故时，挂靠人和被挂靠人可能需要承担连带责任。
五、建议与注意事项
及时收集证据：在处理营运损失赔偿问题时，您应及时收集和保留好相关证据，如车辆维修记录、停运证明、收入流水等。这些证据将有助于您在协商或诉讼过程中证明自己的损失。
咨询专业律师：如果您对营运损失赔偿问题有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师。律师可以为您提供法律建议，帮助您维护自己的合法权益。
通过合法途径解决：在协商无果的情况下，您可以通过诉讼等合法途径来解决争议。在起诉的同时，您可以委托法院进行司法鉴定，以确定营运损失的具体数额。
综上所述，营运车辆发生事故负主责时，营运损失的赔偿问题需根据事故责任认定情况、保险情况及特殊情况进行综合判断和处理。希望以上解答能对您有所帮助。