针对您在店里打工时发生意外伤害，并考虑通过法院起诉来维护自身权益的情况，以下是我为您详细梳理的民事诉讼流程：
一、准备阶段
准备起诉状：
- 起诉状是启动诉讼程序的关键文件，需明确列出原告（您本人）、被告（店主或相关责任方）的基本信息，以及具体的诉讼请求（如赔偿医疗费、误工费等）、事实与理由（详细描述意外发生经过、责任归属等）。
收集证据：
- 证据是支持您诉讼请求的基础，包括但不限于：医疗记录、费用发票、现场照片或视频（如有）、目击者证言、与店主的沟通记录（如微信聊天记录、电话录音等，特别是能证明您非主要责任或受胁迫的证据）。
- 鉴于您提到曾受胁迫签署调解协议，务必收集相关胁迫证据，如威胁您的聊天记录、电话录音等，以证明该协议非您真实意思表示。
确定管辖法院：
- 根据《民事诉讼法》的规定，民事诉讼通常由被告住所地或经常居住地人民法院管辖。因此，您需要了解店主的具体住址，以确定有管辖权的法院。
二、立案阶段
提交起诉材料：
- 将准备好的起诉状及证据材料提交至有管辖权的法院。您可以选择亲自到法院提交，或通过法院的网上立案系统进行提交。
缴纳诉讼费：
- 法院在收到立案材料后，会进行审查。若符合立案条件，法院会通知您在规定时间内缴纳诉讼费。逾期不缴纳的，将按撤诉处理。
等待法院审查：
- 法院通常在收到立案材料后7日内进行审查。若材料不足，法院会通知您补充材料。审查通过后，法院会正式立案，并将立案材料寄送给对方当事人。
三、审理阶段
等待对方答辩与举证：
- 被告在收到立案材料后，有权在规定时间内提供答辩状及证据。但无论被告是否提供，都不影响案件的审理。
开庭审理：
- 法院会安排开庭时间、地点，并通知双方当事人。开庭时，法官会核对当事人身份，宣布庭审纪律，并询问是否需要回避。
- 庭审流程包括庭前准备、法庭调查（双方陈述、证据质证）、法庭辩论（围绕争议焦点展开）、法庭调解（若达成调解协议，则制作调解书）等。
休庭评议与宣判：
- 调解不成的，法官会与合议庭其他成员进行讨论，并作出裁决。裁决结果可能当庭宣判，也可能定期宣判。
四、后续阶段
核对笔录并签名：
- 开完庭后，您需要等待书记员将庭审笔录打印出来，双方核对无误后需在每页上签名。
等待裁判书送达：
- 法院会在规定时间内送达裁判书。若您对裁判结果不服，可以在规定期限内向上级人民法院提出上诉。
履行或申请执行：
- 若裁判书生效后，对方未在规定期限内履行义务，您可以及时申请法院执行。申请执行的期限是两年。
特别提醒
- 关于调解协议：若您能证明签署调解协议时受胁迫，根据《民法典》的相关规定，您有权请求法院撤销该协议。
- 关于证据收集：务必重视证据的收集与保存，特别是能证明您非主要责任或受胁迫的证据。
- 关于法律援助：若您经济困难或法律知识有限，可以寻求当地法律援助机构的帮助。
希望以上信息能对您有所帮助。在诉讼过程中，若遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请及时咨询专业律师。