停薪留职合同在一定条件下是受法律保护的，但其法律效力并非绝对，而是取决于具体内容及签订过程是否符合法律法规的要求。以下是对这一问题的详细分析：
一、停薪留职合同的法律效力基础
停薪留职合同，作为员工与用人单位之间的一种特殊用工形式，其法律效力主要来源于双方的协商一致和符合法律法规的约定。在计划经济向市场经济转型的阶段，这种用工形式在国有企业或集体企业中较为常见，允许职工在保留职务和工作关系的前提下，暂时离开原工作岗位从事其他活动。
二、停薪留职合同有效的前提条件
协议主体适格：用人单位必须是依法设立并具备合法经营资格的组织，劳动者需达到法定就业年龄，且精神、智力状况正常，能够理解并承担协议所规定的权利和义务。
意思表示真实：协议内容必须是双方真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。用人单位不得以威胁解除劳动合同等手段强迫劳动者签订协议，劳动者也不得故意隐瞒重要事实，误导用人单位签订协议。
内容合法合规：协议条款不得违反法律法规的强制性规定和社会公共利益。例如，协议不能约定侵犯劳动者基本劳动权益的内容，如停薪留职期间不缴纳社会保险等，因为缴纳社会保险是用人单位的法定义务。
形式符合要求：如果法律法规对停薪留职协议的形式有特别要求，如应当采用书面形式并由双方签字或盖章等，那么协议必须符合这些规定。
三、停薪留职合同与劳动合同的关系
停薪留职合同可以看作是对劳动合同中所确立劳动关系的补充和强调，同时是企业和劳动者双方互相豁免对方劳动义务的意思表示。它附随于劳动合同而存在，其有效期间应当以劳动合同约定期间为限。如果停薪留职合同的有效期间超出劳动合同的约定期间，由于在超过期间内双方既没有劳动合同，也没有形成事实上的劳动关系，因此对超过期间的劳动关系应不予认定。超过期间内双方停薪留职合同所约定的权利义务内容，因失去了劳动关系这一基本前提，应视为无效。
四、实践中的注意事项
明确协议条款：在签订停薪留职合同时，双方应当明确协议条款，包括停薪留职的期限、薪资待遇、社会保险、工作关系及双方权利义务等内容，以确保协议内容合法、真实、有效。
遵守相关法律法规：双方应遵守相关法律法规和管理规范，如《劳动合同法》等，以确保协议的合法性和有效性。
争议解决：如果发生争议，当事人可以申请劳动仲裁或提起诉讼，由劳动争议仲裁机构或法院来审查协议的法律效力并作出裁决。
五、法律后果
如果停薪留职合同符合上述前提条件，且内容合法合规，那么该合同是具有法律效力的，双方应依法履行。如果合同存在违法违规内容或签订过程存在欺诈、胁迫等情形，那么该合同可能被认定为无效或部分无效，双方可能面临法律责任。
建议：在签订停薪留职合同时，双方应充分沟通并协商一致，确保合同条款符合法律法规要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。