在法院已经是立案阶段的劳动纠纷案件，若涉及在劳动仲裁委员会后主张的加班工资，一般不可以再次申请劳动仲裁立案，但存在特殊情形。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般原则：“一事不再理”
劳动仲裁遵循“一事不再理”原则，即同一劳动争议已经被劳动仲裁机构或法院处理过，当事人通常不能再就同一事实和理由再次申请仲裁或起诉。这一原则旨在维护法律程序的稳定性和效率，避免对同一纠纷进行重复处理。
具体情形：
- 若您之前已经就加班工资问题申请过劳动仲裁，并且仲裁机构已经作出了裁决，那么在没有新的事实和理由的情况下，您不能再次以相同的事实和理由申请劳动仲裁立案。
- 同样，如果法院已经对包含加班工资诉求的劳动纠纷案件立案，那么您也不能再就该加班工资问题向劳动仲裁机构申请立案，因为这属于对同一纠纷的重复处理。
二、特殊情形：新的事实和理由
虽然“一事不再理”原则是劳动仲裁和诉讼中的一般原则，但也存在例外情况。如果您在劳动仲裁后发现了新的事实和理由，足以证明之前仲裁或诉讼中未提及的加班时长或其他相关情况，那么您可以基于这些新情况再次申请劳动仲裁立案或向法院提起诉讼（若原诉讼未涵盖该新事实）。
具体情形：
- 例如，您之前在劳动仲裁中未能提供充分的加班证据，导致仲裁机构未支持您的加班工资诉求。但在仲裁后，您发现了新的加班记录或证人证言等证据，足以证明您确实存在未被认可的加班时长。在这种情况下，您可以基于这些新证据再次申请劳动仲裁立案或向法院申请追加诉讼请求。
三、法律建议
- 全面收集证据：在主张加班工资时，务必全面收集和整理相关证据，如加班记录、工资单、同事证言等。这些证据将有助于支持您的诉求，并增加获得法院或仲裁机构支持的可能性。
- 咨询专业律师：由于劳动纠纷案件涉及复杂的法律问题和程序规定，建议您在处理此类案件时咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和策略，帮助您更好地维护自己的合法权益。
- 注意时效限制：无论是申请劳动仲裁还是向法院提起诉讼，都需要注意时效限制。一般来说，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，您需要在时效期间内及时主张自己的权利。
案例参考：假设您之前因加班工资问题申请了劳动仲裁，但仲裁机构未支持您的诉求。后来，您发现了新的加班记录作为证据。在这种情况下，您可以基于这些新证据向法院提起诉讼（若原仲裁裁决已生效且未被撤销，则需先申请撤销原裁决或通过其他法定途径解决），要求用人单位支付未支付的加班工资。法院将根据您提供的新证据和法律规定进行审理，并作出相应的判决。