股东以不签字就不配合股份变更为由签订的利益输送合同，其效力需根据具体情况判断，但通常可能因违反法律强制性规定或公序良俗而无效。以下从不同角度进行分析：

一、合同效力的一般原则

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定以及不违背公序良俗。若利益输送合同满足这些条件，原则上应认定为有效。然而，在实际操作中，利益输送合同往往涉及不正当的利益交换，可能违反上述原则中的某一项或多项。

二、股东不签字与股份变更的关系

1. 股东签字与股份变更：股东签字通常是股份变更过程中的一个重要环节，尤其是涉及股东权益变动的文件。但股东不签字并不必然导致股份变更无法进行，因为股份变更可能通过其他合法途径实现，如法院判决、仲裁裁决等。

2. 以不签字为要挟：若股东以不签字为要挟，要求签订利益输送合同，这种行为可能构成胁迫。根据《民法典》的规定，一方或者第三人以胁迫手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。

三、利益输送合同的效力分析

1. 违反法律强制性规定：若利益输送合同涉及行贿、受贿、利益输送等违法行为，则因违反法律强制性规定而无效。例如，合同中约定的利益输送方式若构成商业贿赂，则该合同自始无效。

2. 违背公序良俗：利益输送合同往往涉及不正当的利益交换，可能损害公司、其他股东或债权人的利益，违背公序良俗。根据《民法典》的规定，违背公序良俗的民事法律行为无效。

3. 意思表示不真实：如前所述，若股东以不签字为要挟签订利益输送合同，则受胁迫方的意思表示不真实。在此情况下，受胁迫方有权请求撤销该合同。

四、法律建议

1. 审查合同内容：对于已签订的利益输送合同，应仔细审查合同内容，判断其是否违反法律强制性规定或公序良俗。若存在违法或违背公序良俗的情形，应及时采取法律措施。

2. 收集证据：若股东以不签字为要挟签订利益输送合同，受胁迫方应收集相关证据，如聊天记录、录音录像等，以证明胁迫事实的存在。

3. 寻求法律救济：对于无效或可撤销的利益输送合同，受胁迫方有权向人民法院或仲裁机构提起诉讼或申请仲裁，要求确认合同无效或撤销合同，并追究相关责任人的法律责任。

结论：股东以不签字就不配合股份变更为由签订的利益输送合同，其效力需根据具体情况判断。但通常而言，若合同涉及违法行为或违背公序良俗，或存在胁迫情形导致意思表示不真实，则该合同可能无效或可撤销。因此，在签订此类合同时，务必谨慎审查合同内容，并咨询专业律师的意见。如有任何法律问题，可直接向我咨询。