当行政行为被确认违法后，其处理方式是一个涉及法律权威、公民权益及社会公共利益的综合考量过程。以下是对此问题的详细解答：
一、对行政行为本身的处理
撤销或部分撤销：
- 若行政行为存在主要证据不足、适用法律错误、违反法定程序、超越职权或滥用职权等情形，司法机关有权判决撤销或部分撤销该行政行为。
- 撤销后，行政机关通常需要在规定期限内重新作出合法、合规的行政行为。例如，一个未依法举行听证的行政处罚决定，就可能因此被撤销。
责令履行职责：
- 对于行政机关不履行法定职责的违法行为，司法机关将判令其在规定期限内履行相应职责。
- 这适用于行政机关无正当理由拖延办理许可证、审批等法定职责的情况。
确认违法但不撤销：
- 在某些特定情况下，如撤销行政行为将严重损害国家利益或社会公共利益，或行政行为程序轻微违法但对原告权利无实际影响时，司法机关可能确认行政行为违法，但不予撤销。
- 这体现了法律在公共利益与个人权益之间的平衡考量。
责令采取补救措施：
- 除直接撤销外，司法机关还可责令行政机关采取补救措施，以纠正违法行为带来的后果。
- 这可能包括变更行政行为、重新作出具体行政行为，或采取其他恢复原状的措施。
二、对当事人损失的赔偿
行政赔偿：
- 若行政行为违法给当事人造成损害，当事人有权向作出违法行为的行政机关提出赔偿请求。
- 赔偿方式多样，包括支付赔偿金、返还财产、恢复原状等，旨在确保受害人的合法权益得到全面恢复。
赔偿程序：
- 赔偿请求应先向赔偿义务机关提出，后者应在规定期限内（通常为两个月）作出是否赔偿的决定。
- 若逾期未作决定或当事人对决定不服，可向人民法院提起行政赔偿诉讼，通过法律途径维护自身权益。
三、对责任人员的处理
- 行政行为被确认违法后，相关行政机关应对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
- 处分方式可能包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等，情节严重者还可能面临刑事处罚。
- 这体现了对违法行为的惩戒和震慑作用，有助于维护法律的权威和公正。
四、当事人的救济途径
- 作为行政行为的相对人，公民、法人或其他组织享有陈述权和申辩权。
- 对行政处罚持有异议的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，通过法律途径维护自身合法权益。
- 行政复议和行政诉讼是当事人维护自身权益的重要法律手段，应得到充分利用。
总结：行政行为被确认违法后的处理方式多样且灵活，需根据具体情形综合考虑各种因素后作出决定。在处理过程中，应严格遵循法律规定，确保处理结果既合法又合理，最大限度地保障公民的合法权益和社会公共利益的实现。