法院判决企业支付包工头个人的劳务费，企业应当代扣代缴个人所得税。以下从法律角度进行详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条的规定，劳务报酬所得属于应当缴纳个人所得税的范围。同时，该法第九条第一款明确指出，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。这意味着，当企业支付劳务费时，它作为支付所得的单位，有义务代扣代缴个人所得税。

二、法律义务与责任

1. 代扣代缴义务：企业作为扣缴义务人，在支付劳务费时，必须按照税法规定代扣代缴个人所得税。这是企业的法定义务，不得拒绝或拖延履行。

2. 法律责任：如果企业未履行代扣代缴义务，可能会面临税务机关的处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等。同时，税务机关还有权要求企业补缴应扣未扣的税款。

三、实际操作与建议

1. 明确约定：为预防纠纷，建议企业在与包工头签订合同时，明确约定劳务费的构成，是否含税，以及代扣代缴个人所得税的具体方式和时间。

2. 履行义务：企业在支付劳务费时，应按照税法规定计算并代扣代缴个人所得税。同时，应保留好相关税务凭证，以备税务机关查验。

3. 法律合规：企业应确保代扣代缴个人所得税的行为符合税法规定，避免因操作不当而引发法律风险。如果企业对税法规定不熟悉，可以咨询专业税务机构或律师，以确保合规操作。

四、案例参考

以槐荫法院刘志林法官审理的一起执行异议案件为例，该案中法院判决用人单位需向劳动者支付劳动报酬等款项，用人单位作为扣缴义务人代扣代缴了个人所得税。最终，法院认定用人单位代扣代缴的税款应当视为是其履行生效法律文书所确定的给付款项的组成部分。这一案例进一步印证了企业作为扣缴义务人在支付劳务费时代扣代缴个人所得税的合法性和必要性。

综上所述，法院判决企业支付包工头个人的劳务费时，企业应当代扣代缴个人所得税。这是企业的法定义务，也是确保税收合规的重要环节。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。