仲裁委员会确定劳动关系，主要依据以下几个方面进行综合考量：
劳动协议（劳动合同）：
- 这是最直接且有力的证据。若劳动者与用人单位之间存在书面的劳动协议或劳动合同，且协议中明确约定了双方的权利义务、工作内容、期限等关键要素，那么仲裁委员会通常会直接依据该协议来确定劳动关系的存在。
工资支付凭证：
- 工资支付凭证，如工资条、银行转账记录等，是证明劳动者提供劳动并获得报酬的重要证据。这些凭证能够显示用人单位向劳动者支付了工资，从而间接证明劳动关系的存在。
工作凭证：
- 工作凭证包括工作证、考勤记录、工作任务安排等。这些凭证能够体现劳动者在用人单位的实际工作情况，如出勤情况、工作任务等，是证明劳动关系的重要辅助证据。
管理关系：
- 用人单位对劳动者进行的管理，如考勤管理、工作安排、绩效考核等，也是确定劳动关系的重要因素。如果劳动者受到用人单位的这些管理，那么可以认为双方之间存在劳动关系。
在证据存在争议或缺失时的处理方式：
工资支付凭证不清晰或缺失：
- 如果工资支付凭证不清晰或缺失，劳动者可以尝试提供其他证据来证明劳动关系的存在，如工作证、考勤记录、同事证言等。同时，仲裁委员会也会根据其他证据和案件事实，依据高度盖然性原则来判断劳动关系是否存在。
工作凭证缺失：
- 如果工作凭证缺失，劳动者可以积极收集其他相关证据，如与用人单位的沟通记录、工作任务完成情况等，以证明自己在用人单位的工作实际情况。此外，劳动者还可以申请仲裁委员会进行调查取证，以获取更多有利于自己的证据。
用人单位否认管理关系：
- 如果用人单位否认与劳动者存在管理关系，劳动者可以提供考勤记录、工作任务安排、绩效考核记录等证据来证明自己受到用人单位的管理。同时，劳动者还可以申请仲裁委员会要求用人单位提供相关证据来反驳其主张。如果用人单位无法提供有力证据来反驳劳动者的主张，那么仲裁委员会可能会倾向于认定劳动关系的存在。
法律建议：
- 在与用人单位建立劳动关系时，劳动者应尽可能与用人单位签订书面的劳动协议或劳动合同，以明确双方的权利义务。
- 在工作过程中，劳动者应妥善保管工资支付凭证、工作证、考勤记录等证据，以备不时之需。
- 如果发生劳动争议，劳动者应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，并提供充分的证据来证明自己的主张。
可能面临的法律后果：
- 如果仲裁委员会认定劳动关系的存在，那么用人单位可能需要承担相应的法律责任，如支付工资、经济补偿、赔偿金等。
- 如果仲裁委员会认定劳动关系的不存在，那么劳动者可能需要承担举证不能的法律后果，即无法获得相应的法律救济。
希望以上解答能够帮助您更好地理解仲裁委员会如何确定劳动关系。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。