工程施工结束，甲方已经使用，并不直接视为验收合格。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定的验收程序与标准
根据《中华人民共和国民法典》第七百九十九条的规定：“建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。”这一条款明确规定了工程验收是交付使用的必要前提。验收合格必须符合规定的建筑工程质量标准，具有经签署的工程保修书，并具备国家规定的其他竣工条件。建设单位在收到建设工程竣工报告后，应组织设计、施工、工程监理等单位进行竣工验收，确保工程符合设计要求和工程质量。
二、甲方使用未经验收工程的法律后果
质量风险：甲方使用未经验收的工程，可能面临工程质量不符合合同约定和法律规定的风险。一旦出现问题，如结构安全、使用功能缺陷等，甲方可能需要承担修复费用或赔偿责任。
法律风险：如果甲方擅自使用未经验收的工程，可能构成违约行为，需要承担相应的法律责任。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》的规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，法院不予支持。但这并不意味着甲方可以完全免责，对于地基基础工程和主体结构质量，承包人仍需在合理使用寿命内承担民事责任。
三、实际案例与分析
在实际案例中，法院通常不会因甲方已使用未经验收的工程而直接认定工程验收合格。例如，在某建设工程施工合同纠纷案件中，法院明确指出：“涉案工程虽由发包人占有使用，但双方并未就工程进行竣工验收，亦未办理交接手续，故不能认定该工程已经验收合格。”这一判决体现了法律对验收程序的严格要求。
四、建议与措施
严格遵守验收程序：为确保工程的合法性和安全性，甲方和承包人应严格按照法律规定的程序和标准进行竣工验收。验收过程中，应确保所有参与方（如设计、施工、监理等）均在场，并共同签署验收报告。
保留相关证据：在验收过程中，甲方和承包人应保留好所有与验收相关的证据，如验收报告、照片、视频等。这些证据在后续可能出现的纠纷中具有重要的证明作用。
及时处理质量问题：如果在验收过程中发现质量问题，甲方和承包人应及时协商处理方案，并确保问题得到妥善解决。对于地基基础工程和主体结构质量，承包人应承担特别的注意义务，确保工程质量符合规定标准。
工程施工结束，甲方已经使用，并不直接视为验收合格。为确保工程的合法性和安全性，必须按照法律规定的程序和标准进行竣工验收。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。