针对您提出的问题，即在水库合同期间他人非法侵占水库库容建养殖大棚的处理方式，我们可以从法律程序、执行措施以及生态保护的角度进行详细解答。
一、法律程序
确认侵权行为：
- 首先，需要确认是否存在非法侵占水库库容的行为。这通常涉及对水库管理范围、合同条款以及实际占用情况的调查和取证。
- 如果确认存在侵权行为，水库管理方或相关权利人应收集证据，包括现场照片、视频、证人证言等，以支持后续的法律行动。
提起诉讼：
- 水库管理方或相关权利人可以向当地人民法院提起民事诉讼，要求侵权人停止侵权行为、恢复原状并赔偿损失。
- 在诉讼过程中，应提供充分的证据证明侵权人的行为违反了相关法律法规和合同条款。
法院判决与执行：
- 法院在审理案件后，如果认定侵权行为成立，将作出判决，要求侵权人限期拆除违规建筑、恢复水库库容，并可能要求赔偿损失。
- 如果侵权人拒不履行判决，水库管理方或相关权利人可以申请法院强制执行。
二、执行措施
强制拆除：
- 法院在判决生效后，可以组织执行干警对违规建筑进行强制拆除。这通常涉及挖掘机等重型设备的作业，以恢复水库的原状。
- 在执行过程中，法院会确保拆除工作的安全性和有效性，同时尽量减少对周边环境和生态的影响。
善意执行：
- 在执行过程中，法院也会考虑侵权人的实际情况和利益，采取善意执行措施。例如，给侵权人一定的宽限期来清理水产品或转移其他财产，以降低其经济损失。
- 善意执行不仅体现了法律的公正性，也有助于减少社会矛盾和冲突。
三、生态保护
保护水源地：
- 水库作为重要的水源地，其生态保护至关重要。非法侵占水库库容建养殖大棚会破坏水库的生态环境，影响水质和蓄洪功能。
- 因此，在处理此类案件时，应充分考虑生态保护的因素，确保水库的生态环境得到有效保护。
推动绿色发展：
- 法院在处理此类案件时，也应积极推动绿色发展理念。通过判决和执行措施，引导社会公众和企业树立生态文明意识，促进经济与环境的协调发展。
四、具体案例参考
以肥东法院处理的某鱼鳖养殖户在一级水源保护区内侵占水库用地、违法围库造塘开展水产养殖的案件为例：
- 法院在确认侵权行为后，作出了判决，要求侵权人限期拆除围库塘埂、返还违法侵占的水库用地。
- 在执行过程中，法院采取了善意执行措施，给侵权人一定的宽限期来清理水产品，并尽量减少对其经济损失的影响。
- 最终，法院成功组织了强制拆除行动，恢复了水库的原状，保护了生态环境。
综上所述，针对水库合同期间他人非法侵占水库库容建养殖大棚的问题，应通过法律程序确认侵权行为、提起诉讼并申请法院强制执行。在执行过程中，应采取善意执行措施，并充分考虑生态保护的因素。