工程合同未全部履行，一般需要根据合同效力及具体履行情况来处理，以下分情况说明：

一、合同生效但未全部履行

1. 违约责任承担：

   • 根据《民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。这意味着，如果工程合同生效后，一方未全部履行合同义务，就构成合同违约，需要承担相应的违约责任。
   • 举例：若施工方未按合同约定时间完成全部工程，建设方可以要求施工方继续履行合同，完成剩余工程，并可能要求施工方赔偿因工期延误造成的损失。

2. 协商与沟通：

   • 在发现对方未履行合同义务后，应及时与对方取得联系，明确指出其违约行为及可能产生的后果，并尝试通过友好协商解决纠纷。
   • 操作建议：建设方可以发函或当面与施工方沟通，要求施工方说明未履行原因并给出整改方案，如顺延工期、增加资源投入等。

3. 收集证据：

   • 证据是维护自身权益的关键。无论后续采取何种方式解决问题，都需要有充分的证据支持自己的主张。
   • 具体证据类型：包括合同文本、往来函件（如催告函、整改通知）、施工记录（如施工进度表、质量检验报告）、支付凭证等。

4. 发送催告函：

   • 如果协商无果，可以向对方发送催告函，正式要求其履行合同义务，并给予一定的合理期限。
   • 内容要点：明确指出违约行为、要求履行期限、告知法律后果。

5. 申请调解、仲裁或诉讼：

   • 如果催告后仍未能解决问题，可以申请第三方调解机构进行调解，或者根据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议选择仲裁方式解决纠纷。
   • 调解机构选择：如建筑业协会、人民调解委员会等。
   • 仲裁或诉讼准备：准备好相关证据材料，向仲裁委员会或法院提交申请。

二、合同无效且未全部履行

1. 合同无效的情形：

   • 包括不具有经营建筑活动主体资格的企业或个人订立的建设工程合同、没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的合同、建筑工程必须进行招标而未招标或者中标无效的合同、承包人进行非法转包或违法分包的合同等。

2. 处理原则：

   • 在合同无效的情况下，已完成工程量且检验合格的，发包人需支付工程款。
   • 如因一方过错导致合同无效的，有过错的一方应当赔偿对方相应的损失；若双方都有过错的，根据过错的大小，承担各自相应的责任。

3. 操作建议：

   • 对于合同无效的情况，建议双方先进行协商，明确已完成工程量的价值和应支付的工程款。
   • 如果协商不成，可以寻求第三方调解或通过法律途径解决纠纷。

在处理工程合同未全部履行的问题时，建议根据实际情况选择合适的解决方式，并注重收集证据和保护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。