停运损失费通常由侵权人承担，司法鉴定费一般由申请鉴定的一方先行垫付，最终根据责任划分和案件具体情况来确定由谁承担。以下是对这两个问题的详细分析：
停运损失费的承担
法律条款与保险条款规定：
- 根据《机动车交通事故责任强制保险条款》，被保险机动车发生交通事故导致的受害人停业、停驶等间接损失，不在交强险的赔付范围内。因此，停运损失作为间接损失，通常不被交强险覆盖。
- 参照《中国保险行业协会机动车综合商业保险示范条款》，被保险机动车发生意外事故致使的任何单位或个人停业、停驶等损失，保险人不负责赔偿。但商业三者险的具体赔偿范围可能因不同保险公司的合同条款而有所差异。有些保险合同可能未明确将停运损失排除在外，或特别约定承保了间接损失，在这种情况下，保险公司需按合同约定承担停运损失费。
司法实践案例：
- 在多数司法实践中，法院支持保险公司关于停运损失属于免责条款范围的抗辩理由。即使受害方主张停运损失应由保险公司承担，法院也往往判决由侵权人承担赔偿责任。
特殊情况下的保险公司责任：
- 如果保险公司无法证明其对免责条款履行了充分的说明提示义务，免赔条款可能不生效。这要求保险公司在订立合同时，必须在投保单、保险单或其他保险凭证上作出明显提示，并以书面或口头形式向投保人明确说明条款内容。
停运损失费的承担主体：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，停运损失费通常由侵权人承担。赔偿顺序为：先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额内赔偿；不足部分，由承保机动车商业保险的保险人按合同约定赔偿；若仍不足或未投保商业保险，则由侵权人赔偿。
司法鉴定费的承担
一般原则：
- 司法鉴定费一般由申请鉴定的一方先行垫付。在案件审理过程中，法院会根据责任划分和案件具体情况，最终确定由谁承担这笔费用。
责任划分的影响：
- 如果鉴定结果对案件责任划分有重要影响，且最终责任被判定给某一方，那么该方可能需要承担全部或部分司法鉴定费。
- 如果双方都有责任，法院可能会根据责任比例来划分司法鉴定费的承担。
特殊情况：
- 在某些情况下，如果鉴定是出于公共利益或法律规定的需要，司法鉴定费可能由国家或相关机构承担。但这种情况在交通事故赔偿案件中较为罕见。
建议：
- 在处理交通事故赔偿案件时，应详细查阅保险合同条款，并结合法律法规和司法实践进行综合判断。
- 如果对停运损失费或司法鉴定费的承担有疑问，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
如有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律建议。