在有合法进货渠道的商标侵权案中，侵权人是否承担赔偿责任并非一概而论，而是需根据具体情况分析。以下是对这一问题的详细解答：

一、一般情况下的免责条件

根据《中华人民共和国商标法》第六十四条第二款的规定，若侵权人销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，并能证明该商品是自己合法取得且能说明提供者，则不承担赔偿责任。这一规定明确了在特定条件下，即使存在商标侵权行为，侵权人也可能免于承担赔偿责任。具体来说，需要满足以下两个条件：

1. 不知情：侵权人在进货时已尽合理注意义务，对所销售的商品是否侵犯他人商标权并不知情。这要求侵权人在进货过程中进行了必要的审查和核实，但由于各种原因（如信息不对称、提供者隐瞒等）未能发现商品侵权。
2. 合法取得并能说明提供者：侵权人能够提供正规的进货凭证，如买卖合同、商业发票等，以证明商品是通过合法渠道取得的。同时，侵权人还需要能够明确说明商品的提供者，包括提供者的名称、地址、联系方式等信息。

二、特殊情况下的赔偿责任

尽管在一般情况下，满足上述条件的侵权人可以免于承担赔偿责任，但在某些特殊情况下，侵权人仍可能需要承担赔偿责任。这些特殊情况包括但不限于：

1. 应当知道侵权仍销售：若侵权人实际上“应当知道”所销售商品是侵权商品，即使通过合法渠道进货，也可能需承担赔偿责任。例如，当侵权商品价格明显低于市场价或存在明显仿冒痕迹时，若侵权人未加合理注意，法院可能认定其“应当知道”侵权事实。
2. 与提供者构成共同侵权：若侵权人与商品提供者存在共同故意或共同侵权行为，如事先通谋、明知侵权而共同策划销售、为提供者提供实质性帮助等，即使侵权人有合法进货渠道，也需承担赔偿责任。在这种情况下，侵权人与提供者构成了一个共同的侵权主体，需要共同承担侵权责任。

三、法律建议与风险提示

1. 加强进货审查：作为商家，在进货过程中应加强对商品来源和商标权的审查。尽量选择与知名品牌或具有良好信誉的供应商合作，避免从不明来源或存在侵权风险的供应商处进货。
2. 保留进货凭证：在进货过程中，应妥善保留所有相关的进货凭证，如买卖合同、商业发票、付款记录等。这些凭证在发生商标侵权纠纷时，可以作为证明商品合法取得的重要证据。
3. 及时咨询专业律师：若发现所销售的商品可能存在商标侵权风险，或已经收到商标权人的侵权通知或起诉，应及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和应对策略，帮助商家降低法律风险。

总之，在有合法进货渠道的商标侵权案中，侵权人是否承担赔偿责任需根据具体情况分析。若您对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。