结论：盖牛棚被人乱告状是否影响补贴款，需分情况讨论，具体如下：

1. 若告状内容不实且无证据支持
   若他人告状的内容与事实不符，且无法提供有效证据（如牛棚建设不符合规划、环保要求等），则通常不会影响补贴款的发放。补贴审核部门会以书面材料、现场核查等客观依据为准，不会仅凭单方陈述作出否定性结论。但需注意：若告状引发行政调查程序，可能暂时延缓补贴审核进度，需配合提供证明材料（如土地使用证、环评手续等）以加快处理。

2. 若告状内容属实且涉及补贴否定性条件
   若告状内容属实，且牛棚建设存在违法违规情形（如未办理用地审批、未通过环保验收、违反畜牧养殖规划等），则可能直接影响补贴资格。根据《农业支持保护补贴资金管理办法》等规定，补贴对象需符合“合法合规经营”要求，若存在行政处罚记录或未整改的违规行为，审核部门有权取消或追回补贴。

3. 若告状涉及程序性争议（如举报程序合法性）
   若告状人通过合法途径举报（如向农业农村局、自然资源局等部门提交书面材料），且举报内容引发行政机关介入调查，则需关注调查结果。若调查确认牛棚建设合法，补贴不受影响；若调查中发现程序瑕疵（如未公示、未听证等），可能要求补充材料或重新审核，但不会直接否定补贴资格。

建议：

• 立即整理牛棚建设的合法手续（如用地审批文件、环评报告、动物防疫条件合格证等），确保材料完整；
  
• 若告状内容不实，可向补贴审核部门提交书面说明及证据，主动澄清事实；
  
• 若存在轻微违规（如未及时备案），建议尽快补办手续并说明情况，降低被否决风险。
  

如有进一步细节（如告状具体内容、牛棚建设手续情况等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供法律分析。