工程管理人员与老板约定月工资后，老板仅按打卡记录发工资的做法，通常是不合适的，具体分析如下：

1. 工资支付的基本原则

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠。月工资制度意味着，无论劳动者当月实际出勤天数如何（除非有法定或约定的扣减情形），用人单位都应按照约定的月工资标准支付工资。打卡记录通常用于记录劳动者的出勤情况，但它不应成为决定工资支付的唯一依据。

2. 打卡记录与工资支付的关系

• 正常出勤：如果工程管理人员按照约定正常出勤，且没有违反公司规章制度或造成公司损失的情况，老板应按照约定的月工资全额支付。
• 缺勤或迟到早退：若存在缺勤、迟到或早退等情况，且这些情况在劳动合同或公司规章制度中有明确的扣减工资规定，那么老板可以根据这些规定，在月工资基础上进行相应的扣减。但扣减的部分应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
• 无合法扣减依据：如果老板仅凭打卡记录，在没有合法扣减依据的情况下随意扣减工资，这种做法是不合法的。

3. 可能的法律后果

• 劳动者权益受损：如果老板仅按打卡记录发工资，且没有合法依据地扣减了劳动者的工资，那么劳动者的合法权益将受到损害。
• 法律责任：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。

4. 建议与措施

• 核查劳动合同：首先，工程管理人员应核查自己的劳动合同，确认其中关于工资支付、出勤考核等条款的具体约定。
• 与老板沟通：如果发现工资支付存在问题，可以与老板进行沟通，明确工资支付的标准和依据。
• 寻求法律援助：如果沟通无果，或者老板的行为明显违反了法律法规，工程管理人员可以向当地劳动行政部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

总结来看，工程管理人员与老板约定月工资后，老板应按照约定的月工资标准支付工资，打卡记录可以作为出勤考核的依据之一，但不应成为决定工资支付的唯一依据。如果老板仅按打卡记录发工资，且没有合法依据地扣减了劳动者的工资，那么这种做法是不合法的。工程管理人员有权维护自己的合法权益，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。