员工起诉机关（这里应理解为用人单位）关于社保的问题，其案件性质主要取决于具体的争议内容和法律规定。针对您提出的问题，我将从法律角度进行详细分析。
首先，我们需要明确的是，并非所有与社保相关的争议都属于人民法院的受案范围。根据相关法律法规和司法解释，人民法院受理社会保险争议案件的范围是有限的。
一、不属于人民法院受案范围的社保争议
对于那些已经由用人单位办理了社保手续，但因用人单位欠缴、拒缴社会保险费或者因缴费年限、缴费基数等发生的争议，这些争议属于行政管理的范畴，应由社会保险经办机构处理，不属于人民法院受案范围。例如，在您提供的参考信息中，陈某的案例就属于这种情况，虽然A公司欠缴陈某的社会保险费，但由于A公司已经为陈某办理了社保手续，且社保经办部门已经为陈某办理了企业社会保险费核定并移交税务部门征收，因此陈某要求法院判决A公司支付养老保险待遇损失的请求，不满足法院受案的前提条件。
二、属于人民法院受案范围的社保争议
根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(一)》的相关规定，以下两种关于社会保险的争议，属于劳动争议，当事人不服劳动争议仲裁机构作出的裁决，依法提起诉讼的，人民法院应予受理：
劳动者以用人单位未为其办理社会保险手续，且社会保险经办机构不能补办导致其无法享受社会保险待遇为由，要求用人单位赔偿损失发生的纠纷。这种情况下，劳动者需要证明用人单位未为其办理社保手续，且社保经办机构不能补办，同时证明因此无法享受社会保险待遇并产生了损失。
劳动者退休后，与尚未参加社会保险统筹的原用人单位因追索养老金、医疗费、工伤保险待遇和其他社会保险待遇而发生的纠纷。这种情况下，劳动者已经退休，且原用人单位尚未参加社会保险统筹，导致劳动者无法享受相应的社会保险待遇。
三、具体案件分析
在您提到的“员工起诉机关社保”的情境中，如果员工是起诉用人单位未为其办理社保手续且无法补办导致无法享受社保待遇，或者退休后与原用人单位因追索社保待遇而发生纠纷，那么这类案件属于人民法院的受案范围。但如果员工是起诉用人单位欠缴、拒缴社保费或因缴费年限、缴费基数等争议，那么这类案件应由社会保险经办机构处理，不属于人民法院受案范围。
四、建议
对于员工而言，如果遇到社保相关的问题，首先应明确争议的性质和内容，然后根据相关法律法规和司法解释判断是否属于人民法院的受案范围。如果不属于，可以向社会保险经办机构或劳动保障监察部门申请处理；如果属于，则可以依法提起劳动争议仲裁或诉讼。
综上所述，员工起诉机关（用人单位）关于社保的问题，其案件性质取决于具体的争议内容和法律规定。希望以上分析能对您有所帮助。