公司员工贪污公司钱款用于还债，公司有权且应当追回该款项。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律角度
贪污行为的违法性：
- 员工贪污公司钱款，无论用途如何，均构成违法行为。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，贪污行为可能涉及职务侵占罪或贪污罪（视员工身份及贪污数额而定），将受到法律的制裁。
公司的追偿权：
- 公司作为钱款的合法所有者，有权要求贪污员工返还贪污的钱款。这是基于物权法的原则，即物的所有者有权要求非法占有人返还其物。
- 若贪污行为构成犯罪，公司还可以在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，要求贪污员工赔偿经济损失。
二、实际操作角度
内部调查与取证：
- 公司应首先进行内部调查，收集员工贪污的证据，如财务记录、转账凭证、员工陈述等。
- 证据收集应合法、合规，避免侵犯员工合法权益。
与员工协商：
- 在掌握充分证据后，公司可以尝试与贪污员工进行协商，要求其返还贪污的钱款。
- 协商过程中，公司应保持冷静、理性，避免情绪化或过激行为。
法律途径追偿：
- 若协商无果，公司可以通过法律途径追偿。这包括向公安机关报案，要求追究员工的刑事责任；以及向法院提起民事诉讼，要求员工返还贪污的钱款并赔偿损失。
- 在法律诉讼过程中，公司应提供充分的证据支持其主张，并遵循法律程序。
三、风险防范与后续管理
加强内部控制：
- 公司应加强内部控制，建立健全的财务管理制度和审计机制，防止类似贪污行为再次发生。
- 定期对财务记录进行审计和检查，及时发现并纠正问题。
员工教育与培训：
- 公司应加强对员工的法律教育和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业道德水平。
- 通过培训，使员工了解贪污行为的严重性和后果，增强其自律意识。
建立举报机制：
- 公司可以建立举报机制，鼓励员工举报贪污等违法行为。
- 对举报人给予保护和奖励，激发员工参与监督的积极性。
行动建议：
- 公司应尽快启动内部调查程序，收集员工贪污的证据。
- 在掌握充分证据后，与员工进行协商，要求其返还贪污的钱款。
- 若协商无果，及时通过法律途径追偿，并加强内部控制和员工教育，防止类似行为再次发生。
在处理此类问题时，公司应始终保持冷静、理性，遵循法律程序，确保自身权益得到最大保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。