工程长时间停工时，施工单位通常可以主张已完工程的结算，但具体能否主张以及主张的金额和方式，需根据停工原因、合同约定以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、停工原因与责任归属
发包方原因导致的停工：
- 若停工是由于发包方未按时支付工程款、未提供施工条件等发包方原因造成的，施工单位有权依据合同约定，主张已完工程的结算，并要求发包方承担停工期间的损失，包括但不限于人员工资、机械设备租赁费用等。
- 法律依据：根据《民法典》合同编的相关规定，因发包人原因造成工程停工的，发包人应当承担承包人因此造成的损失。
施工单位原因导致的停工：
- 若停工是由于施工单位自身原因，如施工质量问题、施工组织不当等造成的，施工单位可能无权主张额外的停工损失，但仍可依据合同约定主张已完工程的结算。不过，发包方可能会根据合同条款对施工单位进行处罚或要求其承担违约责任。
不可抗力导致的停工：
- 若停工是由于不可抗力，如自然灾害、政府征收等不可预见、不可避免且不可克服的因素导致的，双方通常互不承担责任。但施工单位仍可主张已完工程的结算，且双方应协商确定停工期间的损失分担方式。
二、合同约定与结算条款
- 合同明确约定：若施工合同中明确约定了停工期间的结算方式、计价方法等条款，双方应严格按照合同约定执行。施工单位可依据合同条款主张已完工程的结算。
- 合同未明确约定：若合同中未明确约定停工期间的结算方式，双方可协商确定结算方式。协商不成的，可依据相关法律法规或行业惯例进行结算。在此情况下，施工单位应整理好已完工程量及价款的相关资料，作为主张结算的依据。
三、结算流程与注意事项
整理已完工程量及价款：
- 施工单位应详细整理停工期间已完成的工程量及对应的工程价款，包括施工图纸、变更单、验收单等施工资料，作为主张结算的证据。
留意合同中的停工结算条款：
- 施工单位应仔细审查施工合同中的停工结算条款，了解是否有专门的结算程序、计价方式等规定。如有，应严格按照条款执行。
协商与调解：
- 若双方在结算问题上无法达成一致，可首先通过协商或调解的方式解决争议。协商或调解不成的，可依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。
注意费用合理性：
- 在结算过程中，施工单位应注意各项费用的合理性，如人工费、材料费等。费用的计算依据应清晰明确，避免产生不必要的纠纷。
四、法律后果与风险提示
若施工单位有权主张结算但未主张：
- 施工单位可能面临已完工程价款无法及时收回的风险，甚至可能因发包方破产或财务状况恶化而遭受损失。
若施工单位无权主张结算但强行主张：
- 施工单位可能面临被发包方起诉或申请仲裁的风险，要求其承担违约责任或赔偿损失。
建议：在工程长时间停工的情况下，施工单位应及时与发包方沟通，了解停工原因及责任归属，并依据合同约定和相关法律法规主张已完工程的结算。如有需要，可寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到保障。您有任何法律问题，都可以直接向我咨询。