职工申请工伤认定时，即便用人单位不配合，工伤认定的难度也并不会因此显著增大，法律为劳动者提供了充分的保障措施。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、用人单位的协助义务及不配合的后果
提交材料要求：
- 根据《工伤保险条例》第十八条，提出工伤认定申请时，需提交与用人单位存在劳动关系（含事实劳动关系）的证明材料及医疗机构出具的受伤诊断证明或职业病诊断证明。即便没有劳动合同，工资支付凭证、工作证、考勤记录等也可作为劳动关系的有效证据。
单位的配合义务：
- 社会保险行政部门受理工伤认定申请后，有权对证据进行调查核实，用人单位应积极配合并提供相关情况和证明材料。若用人单位拒绝配合或不提供证据，将不影响工伤认定的进行，且由用人单位承担举证不能的不利后果。
处罚规定：
- 《工伤认定办法》第十一条明确，用人单位拒不协助调查的，社会保险行政部门可责令其改正，并处以2000元至2万元的罚款。
二、劳动者自主申请工伤认定的权利
申请时限：
- 根据《工伤保险条例》第十七条，单位应在事故伤害发生之日或被诊断为职业病之日起30日内提出工伤认定申请。特殊情况下可适当延长。若单位未按时申请，劳动者或其近亲属、工会组织可在一年内直接向社保部门提出申请。
自主申请权利：
- 即便单位不配合，劳动者仍可自行收集医疗记录、事故现场照片等证据，并向社保部门提交工伤认定申请。只要情况符合工伤标准，即可被认定为工伤并享受相应待遇。
三、劳动关系争议的处理途径
- 劳动仲裁途径：
- 若因劳动关系存在争议而影响工伤认定，劳动者可根据《劳动争议调解仲裁法》第二条和第五条的规定，通过劳动仲裁来确认劳动关系。具体流程包括向调解组织申请调解、向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以及对仲裁裁决不服时向人民法院提起诉讼。
四、实际操作建议
初步协商：
- 劳动者首先应尝试与用人单位进行友好协商，明确告知其根据《工伤保险条例》，单位有义务协助进行工伤认定，包括提供相关证据和资料。
自行收集材料：
- 劳动者需按照《工伤保险条例》第十八条的规定，准备工伤认定申请表、劳动关系证明材料、医疗机构诊断证明材料等。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并监督用人单位遵守劳动法律法规。
寻求法律援助：
- 劳动者可寻求法律援助或直接向我咨询，以获取更具体的法律建议和指导。
总结来看，劳动者在自行申请工伤认定过程中，即便面临单位的不配合，也无需过分担心。法律明确规定了单位的协助义务及其不配合的后果，同时保障了劳动者的自主申请权利和救济途径。在劳动关系存在争议时，劳动者还可通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。因此，劳动者应充分了解并善用这些法律规定，以确保自己的工伤权益得到有效保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。