公司部门变更本身并不直接构成申请赔偿金的法定理由，但具体是否可申请赔偿金需根据变更的实际情况及劳动合同的约定来判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 劳动合同的约定：

   • 首先，需要查看劳动合同中是否有关部门变更、工作地点调整或岗位变动的相关条款。如果劳动合同中明确规定了公司有权进行部门变更，并且这种变更不违反法律法规的强制性规定，同时也没有损害劳动者的合法权益（如未降低工资、未改变工作条件等），那么劳动者通常不能仅凭部门变更就要求赔偿金。
   • 如果劳动合同中没有相关规定，或者规定模糊，那么就需要根据《劳动合同法》等相关法律法规来判断。

2. 部门变更是否构成“客观情况发生重大变化”：

   • 根据《劳动合同法》第四十条的规定，劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。但这里的“客观情况发生重大变化”通常指的是如企业迁移、被兼并、企业资产转移等重大变化，部门变更是否构成此类变化需具体判断。
   • 如果部门变更并未导致劳动合同无法履行，或者虽然导致劳动合同部分内容需要变更，但双方已经就变更内容达成协议，那么就不符合上述法律规定的情形，劳动者不能要求赔偿金。

3. 部门变更是否伴随其他违法行为：

   • 如果部门变更的同时，公司存在其他违法行为，如未按照劳动合同约定支付工资、未提供劳动保护或劳动条件、未依法为劳动者缴纳社会保险费等，那么劳动者可以根据《劳动合同法》的相关规定，要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
   • 例如，如果部门变更导致劳动者的工作地点发生重大变化，且公司未提供必要的交通补贴或住宿安排，导致劳动者的实际收入减少或生活成本增加，那么劳动者可以以此为由要求公司支付经济补偿金。

4. 实际操作建议：

   • 在面对部门变更时，劳动者应首先与公司进行沟通协商，了解变更的具体原因、内容以及对自身权益的影响。
   • 如果认为部门变更损害了自己的合法权益，可以要求公司出具书面说明，并保留相关证据。
   • 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

总结来说，公司部门变更本身并不直接构成申请赔偿金的理由。是否可申请赔偿金需根据变更的实际情况、劳动合同的约定以及相关法律法规来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。